Jest to jedna ze starszych zachowanych na Śląsku wiejskich świątyń – pochodzi z XIII wieku, jednak na przestrzeni ponad sześciu wieków zmieniała swój wygląd. Od połowy XVI wieku służyła sto lat protestantom, później wróciła w ręce katolików, była niszczona i grabiona.
Za datę powstania miłkowskiego kościoła przyjmuje się rok 1284 – jednak, po krwawych i wyniszczających wojnach husyckich około 1430 roku niewiele już zostało z postawionej sto pięćdziesiąt lat wcześniej budowli.
Co się działo przez następne sto lat – być może, w tym miejscu działała prowizoryczna drewniana świątynia. Daty, ryte w kamieniu jakie możemy znaleźć w naprożu zakrystii (1543) i w kamieniarce jednego z okiem (1542) mówią zapewne o czasie odbudowy .
W ścianie północnej znajdziemy kamienną głowę o rysach mongolskich – być może to pamiątka z czasów najazdu mongolskiego (podobne głowy znajdziemy wmurowane w ściany kilku dolnośląskich kościołów).
Okna kościoła zachowały swój dawny gotycki wygląd, lecz sporo innych elementów o gotyckich cechach to efekt mody na neogotyk w wieku XIX – to ślad po ówczesnej przebudowie (1875) kościoła (m.in. wtedy zamieniono renesansową wieżę na dzisiejszą kamienno-ceglaną z ostrosłupowym hełmem).
Niespotykana bryła kościoła, którą widać szczególnie od zewnątrz wynika z faktu wtórnego poszerzenia jednej z naw od południa najprawdopodobniej w czasie jednej z przebudów stała się ona niesymetryczna.
Unikalnym elementem jest umieszczony w zewnętrznych ścianach kościoła zespół siedmiu, bogato zdobionych płyt epitafijnych dawnych znamienitych zielarzy – dziś płyty te są pięknie odrestaurowane i budzą podziw ilością barokowych detali. Możemy na nich odczytać nazwiska znanych i bogatych rodzin, których największym skarbem były receptury specyfików leczniczych opartych na miejscowych ziołach i minerałach. .
Kościół otoczony jest z trzech stron zabytkowym cmentarzem. W cmentarnym kamiennym murze od strony północnej znajdziemy trzy wmurowane krzyże pojednania (pokutne). Jeden z nich ma ryt kuszy, inny miecza i stóp a ostatni nie ma widocznych rytów.
Wśród czterech obiektów zabytkowych z całej Polski nominowanych w 2018 roku w konkursie Zabytek Zadbany w kategorii utrwalenie wartości zabytkowej obiektu znalazł się miłkowski kościół parafialny.