Przeciw decyzji minister protestują katecheci, księża, episkopat, którzy słusznie dostrzegają, że jest to lekceważenie wysiłku uczniów, poza tym wliczanie religii do średniej nikogo nie dyskryminuje, bowiem jej obecność lub brak zmienia tylko liczbę przedmiotów, które są podstawą do liczenia średniej.
Posunięcie Nowackiej dyskryminuje za to młodzież, która uczęszcza na te zajęcia. Każdy pomysł nowej minister dotyczący katechezy jest wyrazem jej osobistych uprzedzeń. W efekcie dojdzie do całkowitej marginalizacji szkolnej katechezy i masowego wypisywania dzieci z zajęć.