Od połowy 1943 roku należał jako starszy strzelec do plutonu „Alek”, kompanii „Rudy”, batalionu „Zośka”. W jego domu była skrytka z bronią. 27 kwietnia 1944 roku wraz z kolegami brał udział w udanej akcji wykolejenia niemieckiego pociągu, który jechał z frontu wschodniego do Berlina. Baczyński skończył też turnus Szkoły Podchorążych Rezerwy Piechoty „Agricola”. Przez całą wojnę pisał bardzo dużo wierszy, jego dorobek to ponad 500 utworów, wszystkie one ocalały dzięki matce i żonie poety. Jego dowódcy starali się chronić utalentowanego poetę – 1 lipca 1944 pchor. Andrzej Romocki „Morro” zwolnił go ze służby z bronią w ręku „z powodu małej przydatności w warunkach polowych”. Jednak Baczyński nie wyobrażał sobie, że stoi z boku, podczas gdy jego pokolenie walczy o wolność. Kilka dni później przeszedł do harcerskiego batalionu „Parasol” na stanowisko zastępcy dowódcy III plutonu 3. kompanii. Przyjął wówczas pseudonim „Krzyś”. 1 sierpnia pojechał w okolice Placu Teatralnego po odbiór butów dla swego oddziału i tam zaskoczył go wybuch Powstania. Nie mogąc już dostać się na miejsce koncentracji swej macierzystej jednostki, które było wyznaczone na Woli, w Domu Starców przy Karolkowej, przyłączył się do oddziału złożonego z ochotników pod dowództwem ppor. Lesława Kossowskiego „Leszka”. Oddział ten objął redutę „Ratusz-Pałac Blanka”. 4 sierpnia Baczyński został trafiony przez snajpera ukrytego w Teatrze Wielkim. Pochowano go na dziedzińcu Pałacu Blanka, a po wojnie przeniesiono na Powązki. Jego żona walczyła w Powstaniu do 1 września, kiedy została śmiertelnie ranna. Była w czwartym miesiącu ciąży.Kiedy się w ludziach miłość śmiercią stała
i runął na nas grzmiąc ognisty strop,
błogosławieni ci, co im za mała
była ta trwoga dla serc i dla rąk.
Kiedy przeklęto wszelki płód człowieczy,
aby nie cierpiał, aby nie mógł trwać,
błogosławienie byli ci, co rzeczy
nazwali nędzą tonącą we łzach.
(…) A tylko trzeba pojąć głos i hasło,
bo jeden krok jest jak żołnierza krok,
kiedy się wstąpi weń, to się znalazło
Boga dla wiary, i dzieło dla rąk.