Na wniosek pionu lustracyjnego IPN, Sąd Apelacyjny uchylił wyrok Sądu Okręgowego Warszawa-Praga, który w 2012 r. oczyścił Towpika z zarzutu kłamstwa lustracyjnego. Sąd Apelacyjny zwrócił sprawę do Sądu Okręgowego z powodu stwierdzenia jego błędów. Towpik nie chciał komentować wyroku Sądu Apelacyjnego.
W 2010 r. IPN zarzucił 74-letniemu Towpikowi (ostatnio przedstawicielowi RP przy ONZ w Nowym Jorku), że w oświadczeniu lustracyjnym zataił związki z wywiadem PRL z lat 80.
Sąd ujawnił w 2010 r., że IPN ocenił jego wyjaśnienia jako niewiarygodne, uznając (po przesłuchaniu m.in. oficerów służb PRL i analizie akt IPN), że Towpik w latach 80. podjął tajną i świadomą współpracę z departamentem I MSW.
Cały proces był niejawny, co wynikało z faktu, że część świadków była związana z obecnymi służbami specjalnymi RP.
Pod koniec 2012 r. Sąd Okręgowy oczyścił Towpika – uzasadnienie tego utajniono. IPN odwołał się do Sądu Apelacyjnego. Jak mówiła jego sędzia Małgorzata Mojkowska, uzasadnienie Sądu Okręgowego pominęło wiele dowodów, w tym niektóre dokumenty z zachowanej teczki kontaktu operacyjnego „Spokojny” (którym miał być Towpik). Sędzia dodała, że według Sądu Okręgowego nie da się ustalić okoliczności pozyskania Towpika - Sąd Apelacyjny uznał, że można było dotrzeć do świadka tego zdarzenia.
Ponadto Sąd Apelacyjny ocenił, że Sąd Okręgowy pominął cały tok rejestracji Towpika przez służby PRL. Sędzia Mojkowska ujawniła, że do 1981 r. był on zarejestrowany jako KO „Spokojny”, po czym nastąpił okres jego „zabezpieczenia”. W 1983 r. ponownie zarejestrowano go jako KO, aż do stycznia 1990 r., kiedy pojawił się zapis o „rezygnacji”. „Sąd Okręgowy nie ustalił, czy to była jego rezygnacja, czy też wynikała ona z przekształcenia SB w UOP” - oświadczyła sędzia.
Jak pisała "Gazeta Polska", Andrzej Towpik został zarejestrowany przez wywiad PRL w 1977 r. Według dokumentów archiwalnych, werbunek miał motywy „patriotyczne” i „ideowo-polityczne”. Towpik udawał się wówczas do pracy w ambasadzie PRL w Madrycie. Według akt IPN, współpraca „Spokojnego” z Departamentem I MSW trwała do stycznia 1990 r.
Kilka miesięcy po wyrejestrowaniu go jako kontaktu operacyjnego w Departamencie I MSW, w 1990 r. Andrzej Towpik został wicedyrektorem, a następnie dyrektorem Departamentu Instytucji Europejskich MSZ, któremu podlegały także kwestie NATO. Wielokrotnie wypowiadał się wówczas przeciwko członkostwu w Sojuszu oraz temu, że winien to być strategiczny, długofalowy cel polskiej polityki zagranicznej. Twierdził, że wystarczające gwarancje bezpieczeństwa Polski daje członkostwo w KBWE (Konferencji Bezpieczeństwa i Współpracy w Europie). Mimo tego właśnie on został pierwszym ambasadorem RP przy NATO w Brukseli i pozostawał na tym urzędzie w latach 1997–2002.
W rządzie SLD–PSL Towpik awansował do rangi wiceministra. Wówczas minister Dariusz Rosati (zarejestrowany jako TW „Delta”) w wystąpieniach publicznych nazywał Towpika „mózgiem MSZ”. W 1997 r. Aleksander Kwaśniewski (zarejestrowany jako TW „Alek”) powołał go na szefa zespołu negocjacyjnego z NATO.
