W lipcu 2024 roku Służba Kontrwywiadu Wojskowego kierowana przez Jarosława Stróżyka podjęła próbę odebrania prof. Cenckiewiczowi poświadczeń bezpieczeństwa. Profesor zaskarżył tę decyzję. Sprawa znalazła swój finał w Wojewódzkim Sądzie Administracyjnym w Warszawie, który 17 czerwca 2025 roku uchylił decyzje SKW oraz premiera Donalda Tuska w tej sprawie. Sąd w obszernym uzasadnieniu stwierdził, że "w sprawie doszło do naruszenia przepisów prawa materialnego", i nie było żadnych podstaw, by uznać, że prof. Cenckiewicz nie daje rękojmi zachowania tajemnicy.
Od momentu jego powołania na stanowisko szefa Biura Bezpieczeństwa Narodowego uczestniczył już kilkukrotnie w klauzulowanych spotkaniach na wysokim szczeblu m.in. w Białym Domu. Niedawno brał także pilnie zwołanej przez prezydenta Karola Nawrockiego Radzie Bezpieczeństwa Narodowego.
Teraz sprawę ma zbadać ABW
Teraz tę sytuację zlecił sprawdzić Tomasz Siemoniak. W części internetowej czwartkowego wywiadu dla radiowej Jedynki powiedział, że ABW, jako instytucja odpowiadająca w państwie za ochronę tajemnic, wystąpiła o informacje w tej sprawie do pionu informacji niejawnych (Kancelarii Prezydenta - red.). - I ta sprawa będzie wyjaśniana - zapewnił.
Minister przekonywał, że minister Cenckiewicz nie ma dostępu do informacji niejawnych i takich informacji od służb nie otrzymuje.

Nie było tajnych informacji
Dopytywany o udział prezydenckiego ministra w Radzie Bezpieczeństwa Narodowego odbywającej się w trybie zastrzeżonym powiedział, że w jego ocenie podczas tego posiedzenia tajnych informacji tam nie było. - Niemniej jednak oznacza to naruszenie zasad, skoro samo spotkanie miało klauzulę zastrzeżoną, więc będziemy to wyjaśniać - zaznaczył.
- Nie my ten kryzys wywołaliśmy - dodał minister, zaznaczając, że szczególnie w obecnej sytuacji ochrona informacji jest szczególnie ważna i nie ma w tej sprawie żadnych kompromisów.