7 marca 1949 roku, po trwającym ponad rok brutalnym śledztwie, został stracony wraz z sześcioma podkomendnymi – żołnierzami Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość – w katowni bezpieki przy ul. Rakowieckiej w Warszawie. Po katyńskim strzale w tył głowy, wyrzucony na śmietnik obok Cmentarza Wojskowego na Powązkach.
W bezimiennym dole śmierci miał pozostać na zawsze. Diabelski plan komunistów jednak się nie powiódł. Major Hieronim Dekutowski „Zapora” został zidentyfikowany i ma dziś swój grób. „Byłam przekonana, że oprawcy tak go poćwiartowali, spopielili, posypali wapnem, żeby nigdy nie udało się go odnaleźć. Potem, w miarę ekshumacji na »Łączce«, nadzieja, że wróci do nas, była coraz większa. Aż wreszcie stało się” – wspominała Krystyna Frąszczak, siostrzenica majora „Zapory”. W czasie niemieckiej okupacji zrzucony do kraju jako cichociemny, przeprowadził 83 akcje bojowe i dywersyjne.
Zasłynął jako obrońca mieszkańców Zamojszczyzny przed represjami. Po „wyzwoleniu” nie złożył broni. Jako jeden z najsłynniejszych dowódców antysowieckiej partyzantki na Lubelszczyźnie był tropiony przez szwadrony NKWD i UB. Komunistyczną zbrodnię usankcjonował podległy bezpiece sąd. Stefan Korboński, delegat rządu na kraj, zapamiętał: „O tym, że »bandyta Zapora« to Hieronim Dekutowski, »opinia publiczna« dowiedziała się dopiero po rozpoczęciu procesu”. Przed tym bolszewickim trybunałem śmierci „Zapora” wziął na siebie całą odpowiedzialność. Pytany, dlaczego zamiast się ujawnić, pozostał ze swoimi żołnierzami, odpowiedział: „Byłem związany ze swoimi ludźmi trudem i walką, byłem ich dowódcą. Nie mogłem umyć rąk i zostawić ich jak grupy bandyckiej w terenie, bez dowództwa”. Władysław Siła-Nowicki, polityczny przełożony Dekutowskiego, inspektor Zrzeszenia WiN na Lubelszczyźnie, wspominał, że na rozprawę ubrano ich w mundury Wehrmachtu: „Ten mundur hańbił katów, nie ofiary. I nieskończenie ważniejszym od naszego ubrania było to, co przed sądem krzywoprzysiężnym mówiliśmy podczas procesu”. Do dziś w Warszawie żyje okrutny śledczy mjr. Hieronima Dekutowskiego – Jerzy Kędziora.