Proces rozpoczął się 14 września w Sądzie Rejonowym w Warszawie. Biskupa Czesława Kaczmarka i czworo pracowników kurii oskarżono o utworzenie „ośrodka dywersyjno-szpiegowskiego”, usiłowania obalenia przemocą ustroju PRL, wrogiej propagandy na rzecz „waszyngtońsko-watykańskich mocodawców”, a nawet kolaboracji z Niemcami. Procesowi przewodniczył Mieczysław Widaj.
Akt oskarżenia przygotowywali m.in.: Roman Werfel, płk Józef Różański, prokurator Stanisław Zarakowski i płk MWD Kowalczuk. Zatwierdzony został w Moskwie. Obrońcą z urzędu był adwokat Marian Bartoń.
Biskupa Kaczmarka w śledztwie straszliwie torturowano. Po miesiącach przesłuchań wyraził skruchę i odciął się od polityki Watykanu.
Skazano go na 12 lat więzienia. Pozostali dostali – ks. Jan Danielewicz (skarbnik kurii kieleckiej) 10 lat, ks. Józef Dąbrowski (kapelan biskupa) 9 lat, ks. Władysław Widłak (prokuratora Seminarium Duchownego w Kielcach) 6 lat, Waleria Niklewska (Zgromadzenie Sióstr Służebniczek) 5 lat.
Na łamach Wrocławskiego Tygodnika Katolików 27 września 1953 roku Tadeusz Mazowiecki napisał:
proces bp Kaczmarka udowodnił również naocznie, i to nie po raz pierwszy, jak dalece imperializm amerykański, pragnący przy pomocy nowej wojny, a więc śmierci milionów ludzi, narzucić panowanie swego ustroju wyzysku i krzywdy społecznej krajom, które obrały nową drogę dziejową, usiłuje różnymi drogami oddziaływać duchowieństwo oraz ludzi wierzących i kierować ich na drogę walki z własną ojczyzną, stanowiącą wspólne dobro wszystkich obywateli.
Prof. Andrzej Burda, prokurator generalny PRL w latach 1957-1961 roku mówił o biskupie Kaczmarku:
Zaimponował mi opanowaniem - może dlatego, że mnie brakuje tej cechy - i poczuciem humoru. Oskarżony o szpiegostwo zdawał sobie sprawę, że wyrok będzie ciężki. Po Październiku i rehabilitacji nie spokorniał.
Biskup Kaczmarek wrócił do Kielc 4 kwietnia 1957 r. Miał 62 lata, włosy mu kompletnie zbielały, trzęsła mu się głowa, widać było, że jest u kresu sił fizycznych.
Po raz kolejny jednak nie ugiął się przed Złem. Podczas kazania w katedrze kieleckiej 10 lutego 1959 r. ujął się za prześladowanymi katolikami w komunistycznych Chinach. Wystąpienie to stało się powodem, dla którego władze w Warszawie przestały go uznawać jako ordynariusza kieleckiego. Zażądano, aby Episkopat usunął biskupa Kaczmarka z Kielc.
Papież Jan XXIII w liście skierowanym do „Czcigodnego Brata Czesława Kaczmarka Biskupa Kieleckiego” napisał wówczas:
Wyrok niesłusznie na Ciebie wydany przez władze państwowe został obalony – tak, iż Twoja względem Kościoła wierność, podobnie jak i szczera Twoja miłość względem ojczyzny stały się dla wszystkich oczywiste.
Dowiedzieliśmy się jednak, że grożą Ci nowe niebezpieczeństwa, które ponownie obawą i niepokojem przejęły Twój kler oraz wiernych. Żywimy jednak nadzieję, iż to wszystko pomyślnie się ułoży i ustawicznie ślemy do Boga modły, aby rychło zniknęły przyczyny niosące niepokój.
Pisząc te słowa w celu niesienia Ci pociechy i pokrzepienia, zapewniamy Cię, iż jesteśmy złączeni z Tobą gorącą ojcowską miłością i pokornie błagamy Dawcę wszelkich łask o pokój ducha dla Ciebie, pogodę oraz męstwo (...) jako zadatek łask Bożych udzielamy z pełni serca błogosławieństwa apostolskiego Tobie, Biskupowi Sufraganowi, duchowieństwu oraz ludowi Tobie zawierzonemu.
Biskpup Czesław Kaczmarek zmarł 26 sierpnia 1963 r.