Już w 1989 roku w środowiskach opozycyjnych pojawiły się poważne wątpliwości dotyczące przyczyn śmierć duchownych. Kreowane przez władze teorie stały bowiem w sprzeczności z ujawnionymi faktami, których nie udało się ukryć mimo śledztwa prowadzonego w kierunku udowodnienia przyjętego na wstępie założenia o nieszczęśliwych wypadkach.
Nie bez znaczenia w tej sprawie było zaangażowanie kapłanów w działalność opozycyjną: ksiądz Niedzielak działał w konspiracji w Armii Krajowej i Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość, w latach 80. był współzałożycielem Stowarzyszenie Rodzina Katyńska w Warszawie; ksiądz Suchowolec udzielał się jako duszpasterz Konfederacji Polski Niepodległej i „Solidarności” w Białymstoku, ponadto propagował prawdę o śmierci ks. Popiełuszki, jawnie wskazując funkcjonariuszy SB jako winnych tej zbrodni.
Przed śmiercią kapłani byli zastraszani, grożono im śmiercią, gdyby nie zaprzestali swoich działań. Na księdza Suchowolca zaaranżowano nieudany zamach. W kontekście śmierci kapłanów oraz późniejszego o pół roku równie tajemniczego zgonu księdza Sylwestra Zycha pojawiły się doniesienia o działającym w resorcie spraw wewnętrznych „komandzie śmierci”, wykonującym wyroki na osobach niewygodnych dla władz komunistycznych.
Przejęte przez Instytut Pamięci Narodowej archiwalia to akta Prokuratury Wojewódzkiej w Warszawie: 11 tomów akt (główne i podręczne) w sprawie zabójstwa księdza Niedzielaka (art. 148 § 1 kk) oraz 7 tomów akt w sprawie utrudniania w 1989 roku postępowania przygotowawczego prowadzonego w sprawie śmierci księdza Stanisława Suchowolca (art. 252 § 1 kk). Materiały są dostępne w Archiwum IPN pod sygnaturami IPN BU 3672/1-11 oraz IPN BU 3673/1-7.
CZYTAJ TEŻ: Kto stoi za morderstwem ks. Zycha? Odpowiedź w programie Doroty Kani „Gry tajnych służb”