Po przegranych wyborach prezydenckich przez Bronisława Komorowskiego, gen. Stanisław Koziej przestał być szefem BBN. Został rektorem Akademii Obrony Narodowej. Jak pisała w sierpniu Dorota Kania w "Gazecie Polskiej" razem z nim do Akademii mieli przejść niektórzy urzędnicy i współpracownicy BBN, którzy byli (i są) ściśle związani z Bronisławem Komorowskim.
Były szef BBN gen. Stanisław Koziej w sierpniu 1987 r. był na zabezpieczanym przez GRU kursie Sztabu Generalnego ZSRR. Gen. Koziej był w tym czasie również członkiem egzekutywy PZPR. Jako żołnierz I Zarządu Sztabu Generalnego w latach 1978-81 brał udział w opracowaniach planu ataku wojsk UW na państwa Europy Zachodniej. Jako szef BBN zaprosił na XX-lecie Biura generała KGB Nikołaja Patruszewa, sekretarza Rady Bezpieczeństwa prezydenta Rosji i przyjaciela Władimira Putina.