NIK sprawdziła, jak w latach 2008-12 funkcjonowały lotnicze przejścia graniczne. W okresie objętym kontrolą Ministerstwo Spraw Wewnętrznych przeznaczyło na nie od ponad 92 mln zł w 2008 r. do prawie 107 mln zł w roku 2012. Zdaniem Izby to zdecydowanie za mało w stosunku do potrzeb. Np. w 2008 r. brakowało 25 proc. potrzebnej sumy, natomiast w 2011 r. - prawie 20 proc.
Zdaniem NIK MSW nie prowadziło analizy dotyczącej potrzeb poszczególnych lotniczych przejść granicznych, a zamiast tego przyznawało pieniądze automatycznie, na podstawie danych z poprzednich lat, nie uwzględniając ani specyfiki poszczególnych przejść, ani kalkulacji wydatków. "NIK uznaje to za niezrozumiałe, tym bardziej że minister ma do dyspozycji odpowiednie informacje (od wojewodów). Wykorzystuje je jednak tylko do szacowania skutków zmian legislacyjnych" - uważa NIK.
Kontrolę finansowania bieżącego utrzymania lotniczych przejść granicznych NIK podjęła z własnej inicjatywy. Jej uzasadnieniem były wyniki kontroli wykonania w 2011 r. budżetu państwa przez województwo małopolskie, przeprowadzonej w Małopolskim Urzędzie Wojewódzkim w Krakowie. Kontrola wykazała na nieprawidłowości związane z finansowaniem zadań wojewody w zakresie bieżącego utrzymania przejścia granicznego w Krakowie-Balicach.