Zgodnie z długą tradycją Bazyliki nie obciążano rachunkiem za wodę, jednak firma Hagihon, która w końcu lat 90. przejęła jerozolimskie wodociągi, oczekuje zapłaty należności za ostatnie 15 lat, która sięga już 2,3 mln dolarów.
Dotychczas między między sprawującymi opiekę nad Bazyliką greckim Prawosławnym Patriarchatem Jerozolimy, Ormiańskim Patriarchatem i katolicką Kustodią Ziemi Świętej, a byłym burmistrzem Jerozolimy, istniało milczące porozumienie, zwalniające kościół z opłat za wodę. Wszystko zmieniło się w w 2004 roku, gdy firma Hagihon wysłała władzom Bazyliki rachunek na 950 tys. dolarów, za lata wstecz. Wówczas Patriarchat uznał rachunek za pomyłkę, zwłaszcza że Hagihon nie upominał się o zapłatę ponownie. Obecnie jednak firma żąda uregulowania rachunku, który wzrósł do 2,3 mln dolarów.
Po wynegocjowaniu z firmą Hagihon umowy, zgodnie z którą wyznania zarządzające Bazylika będą uiszczać miesięczne rachunki, a zaległości zostaną anulowane, okazało się, że wskutek działań izraelskiego dostawcy wody zablokowane zostało konto bankowe Patriarchatu. Teraz nie można wypłacić pensji 500 księżom i zakonnikom oraz 2 tys. nauczycieli ani uregulować bieżących kosztów utrzymania ponad 30 szkół oraz opłat za elektryczność i dostawy żywności.
Władze Bazyliki grożą jej zamknięciem dla zwiedzających, jeśli sytuacja nie zostanie wyjaśniona. Izraelskie ministerstwo turystyki zadeklarowało, że chce podjąć się mediacji między Patriarchatem a władzami Jerozolimy i liczy na szybkie rozwiązanie sporu.

