Hatszepsut była córką faraona Totmesa I i królowej Ahmose. Urodziła się w 1508 r. p.n.e. jako pierwsze dziecko królewskiej pary. Jej ojciec zmarł, gdy księżniczka miała 12 lat. Aby zasiadać na tronie Hatszepsut wyszła za mąż za swojego przyrodniego brata Totmesa II. Z tego związku urodziła się córeczka Neferue, a Totmes miał jeszcze syna (Totmesa III) z konkubiną. Kiedy faraon zmarł w wieku 27 lat Hatszepsut została regentką panując w imieniu swojego pasierba, ale prawdopodobnie w drugim lub trzecim roku regencji ogłosiła się władcą i przyjęła tytuł królewski, wywodząc swe prawo do tronu na podstawie, jak sama stwierdziła, współrządów ze swym ojcem, Totmesem I. Była jedną z czterech kobiet-faraonów.
Egipski panteon składał się z 24 egipskich bogiń, 26 bóstw męskich i sześciu androgynicznych bogów. Najpotężniejszą boginią egipską była Izyda, a następnie Hathor, Bastet, Maat, Nut i wiele innych. Wiara zabraniała wstępowania na tron kobietom, więc zyskać legitymację w oczach poddanych i być może osiągnąć kompromis z dworzanami, Hatszepsut zmieniła swoje imię, które oznaczało „Przede wszystkim Szlachetne Damy”, na jego męską wersję Hatszepsu. Jest przedstawiana jako nosząca męski strój, a nawet fałszywą męską brodę, na posągach jest pozbawione piersi. Tradycyjnie rzeźby mężczyzn malowano ciemnoczerwonym pigmentem, a kobiet jaśniejszym żółtym pigmentem, ale co ciekawe, posągi Hatszepsut malowano ozdabiano pomarańczowym odcieniem skóry, będącym fuzją tych dwóch kolorów. Władczyni kazała też wyryć na Czerwonej Kaplicy w Karnaku opowieść o tym, jak do bycia faraonem przygotowywał ją ojciec:
...w obecności całego ludu...wysunął mnie na czoło, bardziej niż Mieszkańca Pałacu. Koronował mnie własnymi rękami. Zostałam wychowana by stać się Horusem o silnym ramieniu... Nic podobnego nie stało się w odniesieniu do Królów Górnego i Dolnego Egiptu od początku, za pierwszej generacji... Nic podobnego nie znajduje się w rocznikach przodków ani w ustnej tradycji, oprócz tego, co dotyczy mnie, bowiem mnie ukochał mój rodzic, który działał na moją rzecz od czasu kiedy byłam w gnieździe w Chemmis…
Hatszepsut była skuteczną i odnoszącą duże sukcesy władczynią. Jej głównym osiągnięciem było odtworzenie szlaków handlowych, które zostały przerwane podczas okupacji Egiptu przez Hyksosów w Drugim Okresie Przejściowym (1650-1550 pne). Handel z ziemią Punt przyniósł Egiptowi bogactwo i dobrobyt. Zleciła setki projektów budowlanych w całym Górnym i Dolnym Egipcie, z których najbardziej monumentalnym był kompleks świątynny grobowy w Deir el-Bahri, na zachodnim brzegu Nilu.
W tym kompleksie zasadziła drzewa mirry. Utrzymywała głównie dyplomatyczne, pokojowe stosunki, ale prowadziła także kampanie wojskowe w Nubii i Kanaanie, a także wysyłała oddziały najeźdźców na Byblos i Synaj. Hatszepsut zmarła około 1458 roku p.n.e. w wieku około 40 lat. Jej pasierb, Totmes III, próbował wymazać wszelkie dowody jej rządów i dopiero w 1822 roku, kiedy odszyfrowano hieroglify na murach Deir el-Bahri, ujawniono jej istnienie i zadziwiające rządy. Ale choć mumie Totmesów I, II i III odkryto w Dolinie Królów, Hatszepsut nigdzie nie można było znaleźć.
Dopiero kiedy dr Zahi Hawass dokładnie badając grobowiec (znany jako KV60, w którym Howard Carter odkrył dwie mumie), znalazł małe pudełeczko zawierające rozłożony narząd wewnętrzny i ząb. Współczesne skany mumii żeńskich wykazały, że jedna z nich miała pusty zębodół, do którego odnaleziony ząb idealnie pasował. Dzięki nowoczesnym testom kryminalistycznym mumia została pozytywnie zidentyfikowana jako Hatszepsut w 2007 roku. Królowa-faraon została odnaleziona.