Jan Ekier pochodził z rodziny o muzycznych tradycjach. Był synem Stanisława, kompozytora muzyki tanecznej i wodewilów, a jego siostra Halina była znaną pianistką, docentem Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Krakowie.
Naukę gry na fortepianie rozpoczął prywatnie u Olgi Stolfowej, jednej z najwybitniejszych pianistek w Krakowie. Pierwsze koncerty zaczął dawać w wieku kilkunastu lat.
W czasie okupacji grywał na koncertach konspiracyjnych i brał udział w spotkaniach patriotycznych. Podczas Powstania Warszawskiego dał ponad 30 występów. Po zakończeniu wojny wznowił karierę artystyczną. Występował w Europie, Ameryce Południowej i w Japonii. Wiele razy był solistą Orkiestry Filharmonii Narodowej. Wykonywał głównie dzieła Chopina, ale także utwory Bacha, Szymanowskiego i Prokofjewa.
Działalność pedagogiczną rozpoczął jeszcze w latach 30. XX w., ucząc solfeżu w Szkole Muzycznej im. W. Żeleńskiego w Krakowie. Po wojnie poświęcił się kształceniu pianistów. W latach 1946-47 uczył w Państwowej Średniej Szkole Muzycznej w Lublinie. Był jednym z założycieli Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Sopocie. Od 1953 był profesorem Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Warszawie, a w latach 1964-1972 i od 1974 kierownikiem katedry fortepianu. W latach 1962-1969 wykładał w Państwowej Wyższej Szkole Muzycznej w Krakowie. Wielokrotnie prowadził kursy mistrzowskie, m.in. w Annecy, Hamburgu, Bonn, Kolonii, Darmstadcie, Mannheimie i Tokio. W 1995 otrzymał doktorat honorowy Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina.
Był jurorem Konkursów Chopinowskich, w tym trzykrotnie przewodniczącym jury. Był też jurorem wielu międzynarodowych konkursów, odbywających się na całym świecie.
Profesor zmarł w nocy z 14 na 15 sierpnia w jednym z warszawskich szpitali.
