Ks. Zygmunt Kaczyński urodził się 15 października 1894 r. Uczestniczył jako kapelan w wojnie polsko-bolszewickiej. Sprawował również funkcję redaktora czasopism o tematyce katolickiej i społecznej, był także (od 1930 r.) dyrektorem Katolickiej Agencji Prasowej i kanonikiem Kapituły Warszawskiej. Działacz partii chadeckich.
We wrześniu 1939 r. uczestniczył w pracach Obywatelskiego Komitetu Obrony Warszawy Stefana Starzyńskiego. W związku z możliwym aresztowaniem wyjechał do Francji, potem do Wielkiej Brytanii. Był członkiem władz RP na uchodźstwie m.in. jako członek Rady Narodowej, wiceszef Ministerstwa Informacji i Dokumentacji. W latach 1943-44 był ministrem wyznań religijnych i oświecenia publicznego w rządzie Stanisława Mikołajczyka.
Do kraju wrócił jesienią 1945 r. Rozwinął działalność duszpasterską głosząc kazania w wielu stołecznych świątyniach. Był także członkiem Prymasowskiego Komitetu Odbudowy Kościołów Stolicy i Naczelnej Rady Odbudowy m.st. Warszawy.
Ks. Kaczyński i jego środowisko szybko stał się przedmiotem zainteresowania i rozpracowywania komunistycznej bezpieki. Przetrzymywany w areszcie przez dłuższy czas, mimo interwencji władz kościelnych, został w sierpniu 1951 r. skazany przez Wojewódzki Sąd Wojskowy na 10 lat więzienia za działalność na szkodę państwa polskiego poprzez "usiłowanie zmiany przemocą jego demokratycznego ludowego ustroju". Duchowny trafił do więzienia na ul. Rakowieckiej, gdzie - jak relacjonuje historyk Mirosław Biełaszko z IPN - cieszył się sympatią współwięźniów.
Jak zaznaczył Biełaszko, historia śmierci duchownego ma wiele znaków zapytania. "Współwięźniowie opowiadali, że strażnicy widząc jego uraz na tle światła, zapalali mu jego wielokrotnie podczas nocy, praktycznie uniemożliwiając sen. Pojawiały się też głosy, że był bity w czasie przesłuchań. Jego siostra odwiedziła go kilka dni przed śmiercią i był w dobrej kondycji, a w akcie zgonu, który miał nastąpić z przyczyn naturalnych 13 maja 1953 r., wymieniono szereg chorób, na które miał cierpieć" - opowiadał historyk.
Ks. Zygmunt Kaczyński spoczął w grobie rodzinnym na Powązkach. "Jego siostra opowiadała wówczas prymasowi, że na cmentarz przywieziono otwartą trumnę. Głowa księdza była okryta gazetami, przez które widać było krew. Prawdopodobnie miał więc rozbitą głowę lub był po sekcji zwłok. Przywieziono go tylko w bieliźnie, rodzina wyprosiła jednak przebranie w sutannę i z towarzyszeniem sześciu księży i najbliższych złożono go w rodzinnym grobowcu" - dodał Biełaszko.
Pośmiertnie w 1958 r. ks. Kaczyński został oczyszczony z zarzutów i uniewinniony przez stołeczny Sąd Wojewódzki.