Groty Watykańskie rozciągają się pod częścią nawy głównej bazyliki św. Piotra w Watykanie, trzy metry poniżej obecnej podłogi, od ołtarza głównego zwanego ołtarzem papieskim, mniej więcej do połowy wysokości nawy. Tworzą podziemny kościół, który zajmuje przestrzeń między obecną bazyliką a bazyliką konstantyńską z IV wieku. Plan Grot, które rozgałęziają się na nisze, korytarze i boczne kaplice ma jako idealne centrum kaplicę Świętego Piotra, nad którą wznosi się Baldachim Berniniego i kopuła Michała Anioła. Pod nią, w podziemnej nekropolii jest grób apostoła Piotra, pierwszego rzymskiego papieża. Bycie pochowanym w Grotach Watykańskich, w pobliżu grobu Piotra, było pragnieniem wielu papieży, królów i królowych.
W Grotach Watykańskich oprócz grobowców papieży jest wiele dzieł sztuki pochodzących z bazyliki Konstantyna. Wyróżniają się pomnik nagrobny papieża Bonifacego VIII, autorstwa Arnolfo di Cambio, nagrobek kardynała Berardo Eroli autorstwa Giovanniego Dalmaty, freski przypisywane Pietro Cavalliniemu, sarkofag Giunio Basso czy spiżowy grobowiec papieża Sykstusa IV – wykonany przez Antonio del Pollaiolo w 1493 roku. Najstarsze pochówki to m.in. dwudziestopięcioletni niemiecki papież Grzegorz V (996-999), cesarz Ottona II, papież Bonifacy VIII (1294-1303), który ogłosił pierwszy Rok Święty w 1300 roku. Pius VI Braschi, zmarły w niewoli francuskiej w 1799 roku, spoczywa we wczesnochrześcijańskim sarkofagu, ale nagrobną rzeźbę przedstawiającą go podczas modlitwy wykonał w marmurze Antonio Canova.
Wielu papieży (z różnych powodów) jest pochowanych gdzie indziej: na przykład Pius IX spoczywa w bazylice San Lorenzo poza murami, Leon XIII w na Lateranie, Grzegorz VII w Salerno.
W Grotach Watykańskich spoczywają nie tylko papieże, ale także osobistości, które na przestrzeni wieków wyróżniły się szczególnymi względami moralnymi czy religijnymi. Zaszczytu tego dostąpili m.in.: kardynał Rafael Merry del Val, bardzo bliski współpracownik papieża Piusa X, książę Jakub Franciszek Edward Stuart (syn króla Anglii Jakuba II) wraz z dwoma synami Karolem Edwardem i Henrykiem Benedyktem.
Cztery kobiety pochowane zostały wśród następców św. Piotra. Królowa Karolina Cypryjska, zmarła na wygnaniu w Rzymie, w wieku 43 lat (16 lipca 1487). Królowa Krystyna Szwedzka Wazówna, która nawróciła się na chrześcijaństwo, abdykowała i ostatnie lata życie spędziła w Rzymie. Matylda Toskańska zwana też Matyldą z Canossy. To do jej zamku pielgrzymował cesarz Henryk IV, by spotkać się z papieżem Grzegorzem VII. Wreszcie tu swój ostatni spoczynek znalazła Maria Klementyna Sobieska, wnuczka króla Jana III Sobieskiego.