Katedra jest miejscem pochówków kanoników i biskupów warmińskich. Najsłynniejszym kanonikiem spoczywającym w tej świątyni jest Mikołaj Kopernik, którego szczątki odnaleziono w 2005 roku pod posadzką. Wciąż poszukiwane jest miejsce pochówku jego wuja biskupa Łukasza Watzenrodego. Dotychczas przeprowadzono badania odnalezionej, domniemanej krypty biskupiej oraz wykonano kompleksowe rozpoznanie katedry z wykorzystaniem m.in. georadaru.
Obecnie weryfikowana jest hipoteza, że w badanym obszarze mogła się wcześniej znajdować mniejsza krypta, w której – lub pod którą – mogą znajdować się pochówki dawnych biskupów warmińskich. Prace badawcze trwają, a obecny etap przynosi więcej pytań niż odpowiedzi. Szczegółowe informacje zostaną podane po zakończeniu procesu zabezpieczania i opracowania znalezisk.
– napisano w oświadczeniu.
W trwających obecnie badaniach archeologicznych, prowadzonych w krypcie kanonickiej w Katedrze Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i św. Andrzeja we Fromborku, dokonano szeregu interesujących odkryć, które mogą istotnie poszerzyć dotychczasową wiedzę m.in. o pochówkach duchowieństwa. Potwierdzono istnienie największego w Polsce, odkrytego podczas badań archeologicznych, zbioru jedwabnych ornatów, a także unikatowych elementów odzieży liturgicznej wykonanej z jedwabiu, w tym – największego zbioru takich sutann, które są niezwykłą rzadkością. Badania ujawniły ponadto obecność krzyży relikwiarzowych, których pochodzenie i funkcja będą przedmiotem dalszych analiz.
W trumnach kanoników znaleziono różańce, kielichy z hostiami z drewna, ze skóry oraz z papieru. To także największy tego typu zbiór w Polsce. Do tej pory spotykane były zazwyczaj kielichy drewniane. Kielichy skórzane i papierowe są praktycznie nieznane. W takcie badań zidentyfikowano elementy szat liturgicznych i obszycia trumien. Z innych tekstyliów pozyskano m.in. poduszki jedwabne, fragmenty dalmatyk i paliuszy.
Te znaleziska tworzą jeden z najcenniejszych w Polsce zespołów tkanin pogrzebowych od początku XVIII do początku XX wieku. Szczątki i tekstylia przetrwały dzięki specyficznemu mikroklimatowi krypty.
We fromborskiej katedrze znajdują się doczesne szczątki biskupów, kanoników, ale też osób świeckich. Najstarszy znany pochówek odbył się w podziemiach jeszcze pierwszej budowli, wzniesionej po przeniesieniu stolicy Warmii z Braniewa do Fromborka. Decyzję tę podjął biskup Henryk Fleming, i gdy zmarł 15 lipca 1300 r., znalazł miejsce spoczynku w prezbiterium obok ołtarza Najświętszej Maryi Panny, ulokowane w obecnej świątyni po północnej stronie ołtarza, przy którym jest obecnie sprawowana msza święta. Odwiedzający katedrę zatrzymują się jednak najczęściej przy grobie kanonika Mikołaja Kopernika, przy ołtarzu Świętego Krzyża.
Cała katedra fromborska jest takim wielkim cmentarzem podziemnym, o czym świadczą licznie zachowane epitafia i płyty nagrobne. Jednak już w drugiej połowie XVII w. pojawiły się obawy, że mogą one zagrozić stabilności budowli. Z tego powodu, decyzją kapituły z 1682 r., umieszczanie epitafiów na ścianach uzależniono od zgody biskupa. Natomiast w 1709 r. podjęto decyzję o budowie krypty, którą nazwano „wspólnym grobem”. Jako pierwszy został w niej pochowany kanonik Piotr Maria Ruggieri, który zmarł w 1739 r., a potem kolejni kanonicy. Spoczęło w niej przeszło 100 osób, a ostatnie badania umożliwiły identyfikację trumien wielu z nich. W 1945 r. zostały one sprofanowane przez żołnierzy sowieckich, miejsce to czeka ciągle na uporządkowanie oraz na udostępnienie zwiedzającym.
