Czy sympatyzujący z narodowcami historyk współpracował ze Służbą Bezpieczeństwa? Już w 2007 roku w tygodniku "Wprost" ukazał się artykuł o dość pokrętnej przeszłości prof. Jerzego Roberta Nowaka. Obecnie otwarcie wspiera on Ruch Narodowy, krytykując przy tym rząd Prawa i Sprawiedliwości. W ostatnich wypowiedziach Nowaka nie brakuje także ataków na Tomasza Sakiewicza, redaktora naczelnego "Gazety Polskiej".
Prof. Jerzy Robert Nowak jest mocno związany z Ruchem Narodowym. W 2018 r. startował z list wyborczych tego ugrupowania do sejmiku województwa mazowieckiego z okręgu numer 4. Uzyskał 1700 głosów i nie zdobył mandatu. W trakcie kampanii wyborczej promował Ruch Narodowy - uczestniczył m.in. w oficjalnym spocie wyborczym, w którym krytykował rząd Prawa i Sprawiedliwości.
Jednak przeszłość historyka sympatyzującego z narodowcami budzi - delikatnie mówiąc - sporo wątpliwości. W 2007 r. ukazał się we
"Wprost" artykuł Doroty Kani, z którego dowiadujemy się, że w latach 70. XX wieku Jerzy Robert Nowak został pozyskany przez Służbę Bezpieczeństwa PRL jako kontakt operacyjny o pseudonimie "Tadeusz". Na mikrofilmach miały znajdować się notatki ze spotkań, na których Nowak przekazywał informacje.
"Wprost" informowało, że Nowak miał wówczas miał pracować w Polskim Instytucie Spraw Międzynarodowych, a z dokumentów miało wynikać, że chętnie rozmawiał z SB o swojej pracy. Po zarejestrowaniu jako kontakt operacyjny, przeniesiono go do ambasady PRL w Budapeszcie, był tam na stanowisku II sekretarza.
Sam Nowak wielokrotnie zaprzeczał, jakoby współpracował z SB, twierdził, że nigdzie nie ma jego podpisu. Jednak, jak można przeczytać m.in. w książce Filipa Musiała "Podręcznik bezpieki. Teoria pracy operacyjnej Służby Bezpieczeństwa w świetle wydawnictw resortowych Ministerstwa Spraw Wewnętrznych PRL (1970–1989)", od kontaktów operacyjnych nie pobierano pisemnych zobowiązań do współpracy.