Kardynał Ratzinger 19 kwietnia 2005 roku w drugim dniu konklawe, po czterech głosowaniach został wybrany następcą Jana Pawła II, którego 6 lat później osobiście beatyfikował. Benedykt XVI stał się 265. papieżem (według Watykanu). W dniu wyboru miał 78 lat.
Miał nadzieję przed konklawe, że odejdzie w pokoju, powiedział wówczas: „Podczas konklawe modliłem się do Boga, żeby mnie nie wybrano. Tym razem jednak Bóg wyraźnie mnie nie posłuchał”.
11 lutego 2013 Benedykt XVI wygłosił oświadczenie, w którym zadeklarował rezygnację z posługi biskupa Rzymu 28 lutego 2013 roku.
28 lutego 2013 r. o godz. 20:00 czasu lokalnego w Rzymie został emerytowanym papieżem. Od tej pory przestało mu przysługiwać tradycyjne, papieskie ubranie (czerwone buty i biały mucet, zamiast tego będzie mógł wkładać zwykłą białą sutannę).
Ustąpił z urzędu jako pierwszy papież od czasów Grzegorza XII w roku 1415. Następcą Benedykta XVI jest argentyński kardynał Jorge Mario Bergoglio, który przybrał imię Franciszek.