Wokół nazwy mostu toczy się spór. Ostatnio informowaliśmy, że wojewoda kujawsko-pomorski Ewa Mes zaskarżyła do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego uchwałę Rady Miasta Bydgoszczy o zmianie nazwy przeprawy przez Brdę z Most im. Lecha Kaczyńskiego na Most Uniwersytecki.
27 listopada 2013 r. radni - z inicjatywy klubu PO - podjęli uchwałę, że przeprawa będzie nazywała się Most Uniwersytecki, a wcześniejsza uchwała traci moc. Za zmianą głosowali radni PO i SLD, przy sprzeciwie radnych PiS. Radni zdecydowali, że uchwała zmieniająca nazwę wejdzie w życie 14 grudnia.
Trasę Uniwersytecką, której częścią jest most, otwarto 12 grudnia. Oznaczało to, że formalnie przez krótki czas przeprawa nazywała się Most im. Lecha Kaczyńskiego.
Zmianę nazwy ostro skrytykowali działacze, posłowie i radni PiS, którzy zwrócili się do wojewody o jej unieważnienie z powodu naruszenia wielu aktów prawnych.