Mszy świętej pogrzebowej przewodniczył metropolita warszawski kard. Kazimierz Nycz.
W homilii kard. Nycz podkreślił, że "żadna ludzka niefrasobliwość, żadne ludzkie niedbalstwo nie może zmienić tego faktu, że wszystko co powiedzieliśmy o wielce zasłużonym dla Kościoła i Polski ks. Zdzisławie Królu podczas jego pierwszego pogrzebu, są (to słowa) ciągle aktualne i nie będziemy tego powtarzać".
Nawiązując do tragedii smoleńskiej, kard. Nycz przypomniał, że ks. Król 10 kwietnia 2010 r. leciał do Katynia na uroczystości jubileuszu 70-lecia zbrodni katyńskiej. "Jechał tam nie tylko z potrzeby serca, ale jechał tam ze zwykłego obowiązku, ponieważ był człowiekiem, który całe swoje życie poświęcał sprawie rodzin katyńskich i odkłamaniu zbrodni katyńskiej. Jechał tam z wielkiego patriotyzmu, z miłości do Polski i z miłości do historii. I tam przyszło mu zakończyć ziemskie życie" - mówił hierarcha.
Po mszy trumna z ciałem ks. Króla została złożona w krypcie Panteonu Wielkich Polaków w Świątyni Opatrzności Bożej w Wilanowie. W ostatniej drodze zmarłemu towarzyszyli m.in. rodzina, księża, przyjaciele, współpracownicy oraz bliscy innych ofiar katastrofy.

