Zgodnie z planowanymi zmianami to minister sprawiedliwości ma być jedynym organem przedstawiającym zgromadzeniom sędziów kandydatów na prezesów sądów. W pierwotnej wersji projektu to zebrania sędziów miały przedstawiać kandydatów na prezesów, a minister sprawiedliwości miał dokonać ostatecznego wyboru. W toku prac podkomisji nie tylko nie uwzględniono argumentów, że pozbawienie sędziów sądów rejonowych prawa do udziału w wyborze kandydatów jest naruszeniem konstytucyjnej zasady równości, ale postanowiono całkowicie znieść prawo sędziów do współdecydowania o wyborze prezesów. Poza tym to minister ma pozostawić sobie nadzór nad sądami, zamiast przekazać go w ręce I prezesa Sądu Najwyższego.
Do tego dochodzi również kwestia wynagrodzenia dyrektorów sądów, w której minister sprawiedliwości miałby pełną dowolność.
