20 lipca 1869 roku do Sądu Rejonowego w Krakowie przyszedł anonimowy list, w którym ktoś napisał, iż słyszał, że w klauzurowym klasztorze karmelitanek bosych w Krakowie, jest więziona w okropnych warunkach zakonnica – Barbara Ubryk. Sąd uznał, że nie może zignorować tego pisma. Porozumiano się z biskupem Antonim Gałeckim, powołano wspólną świecko-kościelną komisję sądową, która miała sprawdzić, czy rzeczywiście coś takiego ma miejsce.
Komisja zjawiła się w klasztorze i zażądała widzenia z siostrą. Otworzono grube drzw gdzie ,„…ukazała się celka ciemna prawie zupełnie, gdyż okno aż pod sam wierzch było zamurowane [...]. Wyziew smrodliwy buchnął przez drzwi, gdyż w owej celi znajdowała się wygódka z otworem niezamkniętym, a uchodzącym do dołów kloacznych. [...] ujrzano tuż przy drzwiach, na garści startego na proch barłogu, postać kobiety…”. W oficjalnym protokole komisji napisano potem: „dostrzeżono istotę żywą, bez najmniejszego okrycia, skuloną w kuczki, [...]. Istota ta podniosła się z ziemi, [...] naga, brudna głowa ostrzyżona krótko, ciało zaś przedstawiało istny szkielet, poobijany zapewne przez tłuczenie się po ścianie”.
Wystarczyło kilka chwil, by zorientować się, że kobieta jest psychicznie chora. W związku z tym postanowiono, by nazajutrz zbadali ją lekarze. Siostrom zaś nakazano poprawić warunki jej bytowania. 23 lipca Barbarę odwieziono do szpitala. Tymczasem w Krakowie huczało od plotek, ludzie nie znając szczegółów wymyślali nieprawdopodobne historie, z potwornymi zakonnicami i lubieżnymi księżmi w roli głównej. Oliwy do ognia dolewała krakowska prasa. Wreszcie na ulicach zaczął gromadzić się tłum, który ruszył w stronę klasztoru karmelitanek, po czym przypuścił nań regularny szturm. Dopiero wojsko rozpędziło żądnych zemsty krakusów. Kolejne dni nie ostudziły mieszkańców, a atmosfera była tak napięta, że władze podjęły decyzję o ochronie i obstawieniu żołnierzami wszystkich klasztorów w mieście. Jednocześnie trwało śledztwo, a do aresztu trafiły przeorysza zakonu Maria Wężyk i jej poprzedniczka Maurycja Ksaweria Josaph. Okazało się, że Barbarę przyjęto do zakonu 29 lat wcześniej. Dwa lata po złożeniu ślubów zaczęła wykazywać oznaki choroby psychicznej, które pogłębiły się tak bardzo, że kobieta stała się groźna dla siebie i otoczenia. Wyszło też na jaw, że o chorej zakonnicy wiedziało wiele ludzi – lekarze, księża, osoby pracujące przy klasztorze – nie znali oni jednak warunków, w jakich przebywała. Mimo tego zakonnice oskarżono o dwa przestępstwa: gwałtu publicznego (bezprawnego uwięzienia) dokonanego na osobie Barbary Ubryk i spowodowania w jego efekcie ciężkiego uszkodzenia ciała. Jednak na rozprawie 25 listopada 1869 roku przed Sądem Krajowym uznano, że śledztwo należy zawiesić, co argumentowano tym, że oskarżone nie popełniły zarzucanych przestępstw, gdyż chorzy psychicznie nie podlegają postanowieniom ówcześnie obowiązującej Ustawy Karnej o bezprawnym ograniczeniu wolności. Przyjęto też, że siostry wykazywały dobrą wolę, opiekując się i starając się leczyć Barbarę, a trzeba dodać, że częste więzienie osób chorych psychicznie, było w tych czasach normą. Barbara Ubryk resztę życia spędziła w zakładzie dla umysłowo chorych, zmarła w w wieku 81 lat.