Sytuacja była o tyle skomplikowana, że pierwotnie Annę Jagiellonkę zaręczono per procura z cesarzem Maksymilianem, a dopiero potem, na męża wybrano jej Ferdynanda, syna hiszpańskiej pary królewskiej Filipa Pięknego i Joanny Szalonej. W zamian cesarz zobowiązał się zaprzestać popierania aliansu krzyżacko-moskiewskiego. Do drugiej uroczystości, podczas której młodzi zostali sobie już osobiście przedstawieni i poślubieni, doszło w maju 1521 r. w Linzu. Ślubu udzielał kardynał Matthäus Lang von Wellenburg, a wśród gości było wiele koronowanych głów, arystokratów i biskupów. Choć feta nie była tak uroczysta, jak wiedeńska, to do historii przeszedł towarzyszący jej turniej rycerski. Królewna podobno początkowo była niechętna przyszłemu mężowi, ale ‒ jak pokazał czas ‒ wybór okazał się dla niej szczęśliwy. Według biografów, Ferdynand I był „zgrabnym chłopcem o gęstych blond włosach, okrągłej twarzy, dużych oczach, krótkim nosie o ładnym kształcie i wyrazistych ustach”. Natomiast biografowie opisując Annę, zwracali uwagę na jej „wąską, drobną twarz z małymi, delikatnymi ustami i bladoczerwone włosy i niebieskie oczy” i wskazywali na francuskie pochodzenie matki, Anny de Foix. Wiemy też, że dziewczyna urodzona w Budzie, gdzie Władysław II sprawował władzę, od najmłodszych lat uczyła się języka węgierskiego, łaciny, a z czasem także czeskiego. Po ślubie młodzi zamieszkali w Pradze, która była wówczas niezwykle dynamicznym, tętniącym życiem miastem. Poddani pokochali swoją królową, która wyróżniała się mądrością i skromnością. Także i mąż był jej dozgonnie oddany. Powierzał jej nie tylko swoje uczucia, lecz także konsultował się w sprawach wagi państwowej. Para doczekała się piętnaściorga dzieci, ostatni jednak z porodów, 27 stycznia 1547 r., stał się przyczyną śmierci królowej Anny, zwanej Czesko-Węgierską. Ferdynand I do końca pozostał wierny pierwszej miłości. Na znak rozpaczy zapuścił brodę i zaczął nosić czarne szaty, co wedle historyków zapoczątkowało popularność czerni jako koloru żałobnego w całych Czechach. Na koniec kazał się pochować obok ukochanej tak, aby „nawet po śmierci być obok niej”.
Ostatnia wola króla została spełniona. Mimo iż zmarł w Wiedniu, jego ciało złożono w rodzinnym grobowcu w katedrze św. Wita, w rozbudowie której i Anna miała swój udział. Po latach symbolicznie dołączył do rodziców i pierworodny syn, Maksymilian II Habsburg.