Generalny Plan Wschodni, opracowany został w czerwcu 1942 r. przez prof. Konrada Meyera, szefa Głównego Wydziału Planowania i Ziemi w Biurze Komisarza Rzeszy ds. Umacniania Niemczyzny. Zakładał on uczynienie z Europy Środkowo-Wschodniej bastionu niemczyzny – zgodnie z nazistowską ideą supremacji rasowej oraz koniecznością zdobycia tzw. przestrzeni życiowej na Wschodzie. W ciągu 25 lat chciano wysiedlić ok. 30 mln mieszkańców ziem polskich i zachodnich terenów Związku Sowieckiego. Na ich miejsce miało przyjechać ok. 5 mln Niemców. Jako „pierwszy obszar osiedleńczy w Generalnym Gubernatorstwie” została wyznaczona Zamojszczyzna.
17 lipca 1942 roku Himmler przeprowadził inspekcję w Zamościu, po której wydał zarządzenie o „poszukiwaniu niemieckiej krwi”:
Akcja „poszukiwania niemieckiej krwi” będzie rozszerzana na całą Generalną Gubernię, a przy niemieckich koloniach w okolicy Zamościa zostanie utworzony wielki teren osiedleńczy. W celu jak najszybszego nadania (tym okolicom) czysto niemieckiego charakteru należy jak najprędzej przystąpić do utworzenia gospodarstw i podjęcia uprawy roli.
Zamość przemianowano na Himmlerstadt. 31 października 1942 r. szef IV Departamentu Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy Heinrich Mueller wydał dyrektywę o „ewakuowaniu Polaków w dystrykcie Lublin (Zamość) dla zrobienia miejsca w celu osiedlenia Volksdeutschów”. Dwa tygodnie później Himmler podpisał zarządzenie uznające powiat Zamość za „pierwszy niemiecki obszar nasiedleńczy w Generalnej Guberni”. Akcja osiedleńcza rozpoczęła się oficjalnie z 27 na 28 listopada. Objęła zasięgiem cztery południowo-wschodnie powiaty dystryktu lubelskiego (Biłgoraj, Hrubieszów, Tomaszów Lubelski i Zamość). Koordynował ją Departament IV Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy (głównie referat IV B 4, w którym czołową postacią był Adolf Eichmann).
Na zabranie bagażu podręcznego ludzie dostawali jedynie godzinę. W rzeczywistości pozostawiali w rodzinnych stronach cały swój dobytek, okupanci pozwalali im na zabranie jedynie okryć wierzchnich, naczyń do jedzenia i 20 zł na osobę. Deportowanych osadzano w obozach przejściowych w Zamościu i Zwierzyńcu. Tych, którzy według nazistów „nadawali się” do zniemczenia, wysyłano do Niemiec. Zdecydowaną większość deportowanych zakwalifikowano jako osoby nadające się pracy fizycznej; pozostali mieli być wysłani do obozów koncentracyjnych.
Tam dokonywano selekcji rasowej, dzielono wysiedleńców na grupy oraz oddzielano rodziców od dzieci. To właśnie w wyniku selekcji w obozach przesiedleńczych powstała grupa osieroconych dzieci znanych jako Dzieci Zamojszczyzny.
W tym czasie widziałem naocznie, jak Niemcy odłączali dzieci od matek. To oddzielanie matek od ich pociech najbardziej mną wstrząsnęło. Najgorsze tortury, jakie zniosłem, były niczym w porównaniu z tym widokiem. Niemcy zabierali dzieci, a w razie jakiegoś oporu, nawet bardzo nikłego, bili nahajami do krwi – i matki i dzieci. Wtedy w obozie rozlegał się pisk i płacz nieszczęśliwych. Nieraz matki zwracały się do Niemców z prośbą o żywność dla zgłodniałych i zmarzniętych dzieci. Jedyne, co mogły otrzymać, to uderzenie laską lub bykowcem. Widziałem, jak Niemcy zabijali małe dzieci (...) Warunki higieniczne były straszne. Wszy, brud, pchły, pluskwy wprost żywcem pożerały ludzi.
– opowiadał po wojnie Leonard Szpuga, wysiedlony rolnik z Topólczy.
Łącznie od listopada 1942 r. do sierpnia 1943 r. niemieckie deportacje objęły blisko 300 wsi. Okupanci wywieźli z rodzinnych domów ok. 110 tys. osób (ponad 30 tys. dzieci). Na opuszczonych terenach osiedlono 10-13 tys. Niemców i ok. 7 tys. Ukraińców.