Wojtunik zaznaczył, że objęcie przez niego stanowiska było efektem wystartowania w konkursie i „przejścia procedury”, a nie jest związane z niczyją protekcją.
– powiedział Wojtunik w rozmowie z onet.pl.Będę doradcą premiera Mołdawii do spraw korupcji. Związane to jest z przygotowaniami do planowanej akcesji tego państwa do UE. Zatrudnia mnie Unia, aczkolwiek rząd mołdawski miał duży wpływ na obsadę tego stanowiska
Paweł Wojtunik w listopadzie 2015 r. zrezygnował z szefowania Centralnym Biurem Antykorupcyjnym. Rezygnację z zajmowanego stanowiska złożył na ręce premier Beaty Szydło za pośrednictwem ministra-koordynatora służb specjalnych.
Dymisja została przyjęta 1 grudnia.
Wojtunik był jednym z bohaterów afery taśmowej. Spekulował, że podpalenie budki przy ambasadzie policji sprzed trzech lat było prowokacją polskiej policji. Na nagraniu Wojtunik mówi, że to Bartłomiej Sienkiewicz, ówczesny szef MSW, nakazał podpalić budkę przy rosyjskiej ambasadzie podczas Marszu Niepodległości w 2013 r.