Prokuratura Okręgowa w Zamościu oskarżyła Kowalczyka (zezwolił na ujawnianie nazwiska) oraz architekta Adama M. i dwóch przedsiębiorców Mariusza P. i Macieja Sz. o to, że powołując się na wpływy u prezydenta Lublina i podległych mu jednostkach w urzędzie miasta oraz u wojewody lubelskiego, podjęli się oni pośrednictwa w załatwieniu m.in. wymaganych pozwoleń na budowę wieżowca w Lublinie, w zamian za obietnicę korzyści majątkowej w kwocie 1 mln zł.
Oskarżeni zostali zatrzymani w grudniu 2019 r. przez funkcjonariuszy CBA w trakcie operacji specjalnej. Trzech z nich nie przyznało się do winy i odmówili składania wyjaśnień. Przyznał się natomiast Maciej Sz., który złożył obszerne wyjaśnienia i w oparciu o nie, a także materiały niejawne i zeznania świadków, w tym anonimowego, sformułowany został akt oskarżenia.
"Nigdy nie żądałem od nikogo ani z nikim nie ustalałem, nie oczekiwałem i nie potwierdzałem żadnej nielegalnej korzyści za przyjęte zlecenie" – napisał Kowalczyk w oświadczeniu opublikowanym na portalu społecznościowym.
Były przewodniczący Rady Miasta Lublin, obecnie prowadzący działalność gospodarczą, stwierdził, że na skutek upublicznienia aktu oskarżenia – który jest "subiektywną oceną i wersją zdarzeń prokuratury" – jest zmuszony do "podjęcia merytorycznej obrony". "Byłem przekonany, że swojej niewinności – zgodnie z literą prawa, bo do chwili obecnej materiały są tajne, a ja dysponuję odpisem aktu oskarżenia dopiero od wczoraj w przeciwieństwie do dziennikarzy – będę dochodził przed niezawisłym sądem" – zaznaczył.
W jego ocenie prokuratura, "w sposób dowolny i z pominięciem jakiegokolwiek kontekstu dokonała interpretacji faktów, mimo że niektóre z nich nie mają ze sobą żadnego związku".
Według aktu oskarżenia 4 lipca 2019 r. funkcjonariusz CBA działający pod przykryciem i podający się za przedsiębiorcę spotkał się z Maciejem Sz. i Mariuszem P. w celu omówienia zakupu nieruchomości w Lublinie, a po przeglądzie oferowanych do sprzedaży działek wyraził chęć zakupu działki przy ul. Zana wraz z koncepcją budowy budynku mieszkalno–usługowego opracowanej przez architekta Adama M. Mariusz P. zapewnił, że załatwi wszystkie potrzebne zgody i pozwolenia, powoływał się przy tym na powiązania rodzinne z ówczesnym wojewodą lubelskim oraz przyjacielskie relacje z prezydentem Lublina.
Podczas kolejnego spotkania - jak ustaliła prokuratura - Maciej Sz., który podjął się negocjowania ceny z właścicielem działki, poinformował potencjalnego inwestora (agenta CBA), że powinien zarezerwować dodatkowe 1 mln zł "na tzw. sponsoring dla ludzi potrzebny przy uzyskiwaniu pozwoleń na budowę oraz odbiorach". Powiedział też, że cały projekt będzie "spinał" Adam M., który prywatnie jest dobrym znajomym prezydenta Lublina. W kolejnym spotkaniu - już w biurze projektowym - brał udział Kowalczyk, przedstawiany jako "prawa ręka" prezydenta Lublina.
Mężczyźni spotykali się jeszcze kilkakrotnie, doszło m.in. do spotkania z udziałem prezydenta i urzędników ratusza, na którym omawiano kwestie uzyskania zgód oraz obowiązującego planu zagospodarowania przestrzennego na terenie potencjalnej inwestycji. Kowalczyk – według aktu oskarżenia – miał zobowiązać się do podjęcia "działań marketingowych zmierzających do ograniczenia sprzeciwu lokalnej społeczności".
Były przewodniczący Rady Miasta Lublin napisał w oświadczeniu, że do chwili zapoznania się z częściowymi materiałami śledztwa (wiosną 2020 r.) nie miał żadnej wiedzy na temat złożenia propozycji korupcyjnej agentowi CBA przez Macieja Sz. "Składając tę propozycję, Maciej Sz. nie działał w moim imieniu ani za moją wiedzą, nigdy ze mną ani z żadną inną osobą, która miałaby ze mną to ustalić lub mi przekazać, o tym nie rozmawiał – ani przed złożeniem propozycji korupcyjnej, ani po jej złożeniu" – napisał Kowalczyk. Dodał przy tym, że Maciej Sz., przyznając się do winy, nigdzie nie oświadczył, że kiedykolwiek rozmawiał z nim na temat jakiejkolwiek łapówki.
Kowalczyk przypomniał, że na przełomie września/października 2019 r. jego wspólnik Adam M. zapytał o przyjęcie zlecenia od inwestora ze Słowacji na projektowanie wysokościowca. Jak podkreślił, to miało być zwykłe zlecenie, ale z uwagi na charakter zabudowy wysokościowej bardzo trudne i wymagające ogromnego nakładu pracy. "Za realizację tego zlecenia oczekiwałem – co jest zupełnie oczywiste w ramach prowadzenia jakiejkolwiek działalności gospodarczej – wynagrodzenia w wysokości nieodbiegającej od rynkowych realiów" – napisał Kowalczyk.
Stwierdził też, że od kilku lat nie ma żadnego kontaktu z Mariuszem P. "Jakim cudem więc mogłem popełnić przestępstwo z osobą, z którą nie miałem jakiejkolwiek styczności?" – napisał Kowalczyk. Zadeklarował, że jest gotów poddać się badaniu wariografem "na potwierdzenie prawdziwości" swoich słów.
Kowalczyk twierdzi, że publikowane w mediach wypowiedzi z aktu oskarżenia "o ograniczaniu sprzeciwu lokalnej społeczności" padły w kontekście innym, niż przyjęła to prokuratura. Jak dodaje, "jest rzeczą zwyczajną, że pracownia architektoniczna, podejmując się realizacji projektu mogącego budzić opór społeczny (…), w zawartej umowie zobowiązuje się do wykonania czynności marketingowych swojego projektu".
Kowalczyk zaznacza, że cytowane wypowiedzi, iż on rzekomo coś może lub ma na coś wpływ, są wypowiadane przez osoby trzecie. "To nie są słowa padające z moich ust, ani za moją wiedzą bądź moim przyzwoleniem. Dlaczego więc mam ponosić za nie odpowiedzialność? Czy naprawdę to pisowskie państwo tak bardzo chce pozbyć się mnie z życia publicznego, że pomimo przeprowadzenia nieudolnej akcji, która w żaden sposób nie wskazuje na moją winę, dostosowuje sobie fakty do wersji, która jest potrzebna, żeby mnie oskarżyć?" – napisał Kowalczyk.
Dodał, że niedługo po tym, jak został aresztowany i zwolniony, zaczepił go znany mu agent CBA. "Powiedział, że bardzo mi współczuje, bo zna moją sprawę i że gdyby on ją prowadził operacyjnie, to nigdy nie byłbym w niej zatrzymany, bo nie ma żadnych dowodów mojej winy. I że to brudna, polityczna gra" – napisał.
W grudniu 2019 r po zatrzymaniu i przedstawieniu zarzutów na wniosek prokuratury Sąd Rejonowy w Zamościu, zastosował wobec wszystkich czterech mężczyzn tymczasowe aresztowanie na trzy miesiące. Oni odwołali się do tej decyzji i Sąd Okręgowy w Zamościu uchylił areszty i zastosował poręczenia majątkowe w kwotach od 30 tys. zł do 100 tys. zł, a także dozór policji i zakaz opuszczania kraju. Za zarzucane oskarżonym czyny grozi do 8 lat więzienia.
Kowalczyk pełnił funkcję przewodniczącego Rady Miasta Lublin w latach 2009–2018. W ostatnich wyborach samorządowych nie kandydował do rady.