Ponad trzy lata temu 13 maja 2008 r. ABW na zlecenie Prokuratury Krajowej dokonała przeszukania mieszkań Leszka Pietrzaka w Warszawie i Lublinie. Jak wynikało wówczas z postanowienia o przeszukaniu, miało ono mieć związek z oferowaniem pracownikom spółki „Agora” aneksu do raportu z weryfikacji WSI. Akcja ABW zapoczątkowała rzekoma aferę aneksową. W trakcie przeszukanie ABW zabezpieczyła ponad 3 tys. kopii dokumentów historycznych i zdjęć dotyczących antykomunistycznego podziemia i losów jego żołnierzy. Komunikaty prowadzącej śledztwo Prokuratury po akcji przeszukania u weryfikatorów wskazywały, że zabezpieczono u Pietrzaka dokumenty tajne, rzekomo mające związek z weryfikacją WSI.
Pietrzak jest zawodowym historykiem i zajmuje się podziemiem od blisko 20 lat. Jest m. in. współautorem wydanego przez IPN Atlasu antykomunistycznego podziemia. Zaraz po przeszukaniu domagał się od Prokuratury zwrotu zabranych mu materiałów, wskazując, że są mu one niezbędne do pracy naukowej. Podnosił także, że wydaje książkę na ten temat w oficynie VOLUMEN i zabrane mu materiały uniemożliwiają mu wywiązanie się z umowy wydawniczej. Chodziło mu m.in. o zdjęcia żołnierzy antykomunistycznego podziemia, których do tej pory nie odzyskał.
Prokuratura informowała go, że musi sprawdzić legalność posiadania przez niego materiałów historycznych i określić, czy Pietrzak może je posiadać. W międzyczasie okazało się, że aneks do raportu z weryfikacji WSI miał być oferowany nie „Agorze”, a ówczesnemu marszałkowi Sejmu Bronisławowi Komorowskiemu, który - jak później zeznał - „wstępnie wyraził zainteresowanie”. Okazało się też, że cała afera narodziła się na tajnym spotkaniu, w którym oprócz Bronisława Komorowskiego, Pawła Grasia, Krzysztofa Bonadaryka wziął udział negatywnie zweryfikowany pułkownik WSI Leszek Tobiasz. Po trzech latach śledztwa Prokuratury sprawa nie trafiła jeszcze do sądu i nie wiadomo, czy trafi w ogóle.
Pietrzak nie odzyskał swoich materiałów. W styczniu 2011 r. zaskarżył decyzję prokuratury w sprawie zabranych mu materiałów historycznych do Sądu Rejonowego w Warszawie. W lutym 2011 r. sąd uchylił decyzję prokuratury i sprawa ponownie musiała zostać rozpatrzona przez prokuraturę. Ta jednak nie chce zwrócić historykowi jego materiałów historycznych, pomimo że nie mają żadnego związku ze sprawą, która miał dotyczyć rzekomego handlu aneksem do raportu z weryfikacji WSI. Najbardziej kuriozalne w tym wszystkim jest to, że Prokuratura Apelacyjna uważa, iż jeśli historyk posiada materiały archiwalne (nieważne, czy oryginały, czy kopie, i czy pozyskał je w toku swoich badań naukowych), to powinien je zwrócić do właściwego archiwum, bo inaczej to przestępstwo. W ostatnich dniach historyk zaskarżył kolejne postanowienie prokuratury w tej sprawie, zarzucając jej manipulowanie jego zeznaniami. W ten sposób obok kibiców, internautów, władza zaczyna najwyraźniej zwalczać także historyków.
