Na podstawie historycznych badań przyjmuje się za „bardzo prawdopodobne”, że Müller pochowany został w jednej ze zbiorowych mogił na terenie ówczesnego cmentarza żydowskiego przy Grosse Hamburger Strasse. Nie ma jednak co do tego ostatecznej pewności – powiedział sekretarz stanu do spraw kultury w rządzie landu Berlin Alexander Strassmeir.
Jego wypowiedź, będącą reakcją na interpelację klubu SPD w berlińskim parlamencie, przytoczyła Ewangelicka Agencja Prasowa (EPD).
Władze stolicy Niemiec wykorzystały wiedzę Miejsca Pamięci Niemiecki Ruch Oporu, archiwum landu Berlin oraz gminy żydowskiej. Z dokumentów wynika, że na terenie cmentarza pochowanych zostało ponad 2000 zmarłych w 16 zbiorowych grobach. Nazwiska ponad 50 proc. zarejestrowanych zmarłych nie są znane. Gmina Żydowska w Berlinie, powołując się na prawo do wiecznego spoczynku zmarłych Żydów, wyklucza ekshumację, przeniesienie lub kremację zwłok. Byłaby to ingerencja w spokój zmarłych Żydów i Żydówek pochowanych w tym miejscu. Heinrich Müller jest uważany za jednego z głównych sprawców zbrodni popełnionych przez III Rzeszę na przeciwnikach politycznych oraz Żydach. 20 stycznia 1942 r. szef Gestapo uczestniczył w konferencji w Wannsee, na której omawiana była organizacja deportacji i mordowania europejskich Żydów.Dokładna data jego śmierci nie jest znana. Z dokumentów wynika, że zwłoki znaleziono w sierpniu 1945 roku w pojedynczym grobie na terenie Ministerstwa Lotnictwa Rzeszy, a następnie przeniesiono w inne miejsce. O pochówku Müllera na cmentarzu żydowskim pisał w 2013 r. niemiecki tygodnik „Die Zeit”. Historyk Johannes Tuchel, ówczesny szef Miejsca Pamięci Niemiecki Ruch Oporu, powołał się na dokumenty znalezione w archiwach oraz na zeznania grabarza, który zidentyfikował zwłoki. „Trudno zrozumieć, dlaczego grabarz tylko raz został przesłuchany przez policję“ – powiedział wówczas historyk. „Die Zeit“ pisał, że członek Volkssturmu Walter Lueders w latach 50. zapewniał, iż widział zwłoki Müllera w ogrodzie kancelarii Rzeszy. W 1955 r. zachodnioniemiecka placówka gromadząca informacje o poległych żołnierzach niemieckich otrzymała informację od władz NRD, że ciało Müllera znajduje się na cmentarzu żydowskim w dzielnicy Mitte. Istniejący od 1672 r. cmentarz żydowski przy Grosse Hamburger Strasse został w 1943 r. na rozkaz władz zniszczony i stał się miejscem pochówku cywilnych i wojskowych ofiar wojny.
