Po pierwsze: była fortem strzegącym lewego brzegu rzeki. Po drugie: w jej wnętrzu zrobiono więzienie, zorganizowano siedzibę sądów wojskowych i komisji śledczych. Po trzecie wreszcie na murach Cytadeli postawiono szereg dział, które…. wycelowano w Warszawę! To w istocie może się wydawać zaskakujące podejście – stawiać armaty nie w taki sposób, by broniły miasta, lecz by mu zagrażały! Notabene podobną funkcję w Petersburgu pełniła Twierdza Pietropawłowska, tam dodatkowo ulokowano małą nekropolię dla carów. Zupełnie tak, jakby nawet po śmierci obawiali się zemsty własnych obywateli za despotyczne metody sprawowania władzy i jakby w zaświatach chcieli być strzeżeni grubym, ceglanym murem.
W Warszawie Cytadela stała się miejscem męczeństwa i kaźni wielu polskich patriotów. To tu w jednej z cel spłonął młodziutki Karol Levittoux, podkładając ogień ze świecy pod siennik. To tutaj więziono Romualda Traugutta i Mariana Dubieckiego, a także członków Rządu Narodowego z okresu Powstania Styczniowego. Na dziedzińcu Cytadeli znajdowała się też kuźnia – dzisiaj pozostały po niej jedynie fundamenty. W tej kuźni zakuwano w kajdany Polaków skazywanych na Syberię, czy wysyłanych do odbycia kary katorgi.
Wreszcie, to w pobliżu twierdzy dokonywano egzekucji. Za jej murami powieszono ostatniego dyktatora Powstania Styczniowego wraz z współtowarzyszami z rządu. Ta ponura rzeczywistość, te wspomnienia katorgi, męczeństwa, śmierci, nadal wiszą jakimś ponurym oparem nad tym miejscem. Być może zmieni się wszystko za sprawą zbudowanego tutaj Muzeum Historii Polski oraz nowej siedziby Muzeum Wojska Polskiego. Ważne jednak, by oba te – kluczowe dla konstruowania narracji polskiej polityki historycznej – były kierowane zgodnie z prawdziwie wolną myślą o historii Polski. I żeby nie zostały skażone tym, co przenikało obszar Cytadeli Warszawskiej od chwili jej powstania: czyli duchem podporządkowania Polski potężnej Moskwie. Cały sens umiejscowienia obu tak ważnych instytucji muzealnych w sercu Cytadeli Warszawskiej zawiera się właśnie w tym, że prawda o polskiej historii powinna mieć moc wyzwalającą, odmieniającą ponure fatum ciążące nad naszym losem. Oby tak właśnie w przyszłości było i oby zmiany polityczne nie wpływały na kierunek kształtowania opowieści o polskich dziejach w sposób zaciemniający to, co w niej było kluczowe – a tym czymś był duch oporu wobec despotycznej władzy zewnętrznej i umiłowanie wolności. Jesteśmy to winni przyszłym pokoleniom.