Pod koniec lata 1944 roku, gdy malała liczba transportów z Żydami, Niemcy zaczęli sukcesywnie likwidować więźniów Sonderkommanda. We wrześniu zgładzili około 200 osób. Pozostali zdali sobie sprawę z zagrożenia i zaplanowali bunt. W przygotowaniach Żydom pomagali jeńcy sowieccy, również wcieleni do Sonderkommanda.
Plan buntu zakładał wysadzenie krematoriów, podpalenie baraków, przecięcie drutów i masową ucieczkę. Więźniowie dysponowali prymitywnymi granatami, wykonanych z materiału wybuchowego zdobytego od więźniarek pracujących przy demontażu starych samolotów.
7 października 1944 roku rano obozowy ruch oporu zawiadomił buntowników, że SS zamierza zgładzić 300 członków Sonderkommanda. Żydzi postanowili walczyć. Organizatorami buntu byli polscy Żydzi: Jankiel Handelsman, Josef Deresiński, Załmen Gradowski, Josef Darębus.
Jedno z pierwszych Sonderkommand liczyło 80 więźniów. Zgładzono ich latem 1942 roku. Na początku lata 1944 r., gdy do Birkenau docierały transporty z Żydami węgierskimi, liczyło ono około 900 osób. Więźniowie ci zawsze byli odizolowani. Obóz przeżyło kilkudziesięciu z nich.
O Sonderkommando mówił jego członek Henryk Mandelbaum: „(…) Kiedy trafiłem do Sonderkommando, było tak, jakbym do (…) piekła trafił. Ja to palenie, wyrywanie zębów mam codziennie przed sobą. Chodzę z tymi obrazami, jem, śpię, tańczę, śpiewam. Tego się nie da wymazać. Mam to we krwi, w całym ciele” – wspominał.
Niemcy założyli obóz Auschwitz w 1940 roku, aby więzić w nim Polaków. Auschwitz II-Birkenau powstał dwa lata później. Stał się miejscem zagłady Żydów. W kompleksie obozowym funkcjonowała także sieć podobozów. W Auschwitz Niemcy zgładzili co najmniej 1,1 mln ludzi, głównie Żydów, a także Polaków, Romów, jeńców sowieckich i osób innej narodowości.
