Został on aresztowany w mieszkaniu w dzielnicy Nasr City na wschodzie Kairu.
W wyniku zaostrzającej się sytuacji w Egipcie, duchowy przywódca Bractwa Muzułmańskiego ukrywał się już od wielu dni i nie było wiadomo, gdzie przebywa.
Mohammed Badie był poszukiwany w związku z oskarżeniem o podżeganie do aktów przemocy. 25 sierpnia ma ruszyć proces jego i innych członków Bractwa Muzułmańskiego, z którego wywodzi się obalony 3 lipca prezydent Mohammed Mursi.
Od 14 sierpnia środy w zamieszkach w Egipcie zginęło według oficjalnych danych 800-900 osób. Policja aresztowała ok. tysiąca sympatyków i członków Bractwa Muzułmańskiego.