Izba oceniła, że obecnie stosowane procedury zakupowe sprawiają, że w jednych miejscowościach specjalistycznego sprzętu brakuje, a w innych jest go zbyt dużo. Kontrola wykazała, że w wielu placówkach unijne projekty przygotowano niedbale. Brakowało np. wykwalifikowanej kadry, uprawnionej do obsługi zamówionych urządzeń, a także odpowiednio przystosowanych gabinetów i laboratoriów, mimo że dofinansowanie można było przeznaczyć także na adaptację pomieszczeń.
NIK wskazuje, że opóźniało to dostawy, instalację i uruchomienie zakupionej aparatury. W konsekwencji nowoczesne i specjalistyczne urządzenia przez wiele miesięcy stały niewykorzystane, a zamiast oczekiwanej poprawy doszło nawet do pogorszenia sytuacji finansowej niektórych szpitali, ponieważ musiały ponosić koszty m.in. amortyzacji sprzętu.
W sześciu lecznicach kontrolerzy zakwestionowali także sposób wykorzystania urządzeń: pobierano tam opłaty za badania diagnostyczne, mimo że aparatura dofinansowana ze środków unijnych mogła być wykorzystywana wyłącznie do udzielania świadczeń w ramach kontraktu z NFZ.
