Proces lustracyjny kończy się albo oczyszczeniem z zarzutu, albo stwierdzeniem „kłamstwa lustracyjnego” (co pociąga za sobą zakaz pełnienia funkcji publicznych na okres od 3 do 10 lat).
15 grudnia 2011 r. pion lustracyjny IPN, w związku z wątpliwościami co do prawdziwości oświadczenia lustracyjnego ówczesnego wiceministra i Głównego Rzecznika Dyscypliny Finansów Publicznych, wysłał do sądu wniosek o wszczęcie wobec niego postępowania lustracyjnego. W oświadczeniu Szczuka napisał, że nie miał związków ze służbami specjalnymi PRL.
W mediach pojawiła się następnie informacja o tym wniosku oraz o tym, że w IPN zachował się mikrofilm teczki dokumentującej współpracę Szczuki z wywiadem PRL z lat 80. Według portalu Szczuka „stał się obiektem zainteresowania SB, kiedy na początku lat 80 studiował na wiedeńskiej Akademii Dyplomatycznej”.
Szczuka oświadczył, że gdy w 2004 r. pierwszy raz został wiceministrem finansów, jego oświadczenia nie zakwestionował Rzecznik Interesu Publicznego Bogusław Nizieński.
- Złożone przez mnie oświadczenie lustracyjne jest zgodne z prawdą. Jestem przekonany, że w przypadku wszczęcia postępowania lustracyjnego niezawisły sąd potwierdzi jego prawdziwość – dodał.
Oświadczył też, że do wyjaśnienia sprawy nie powinien być wiceministrem, dlatego zwrócił się do premiera Donalda Tuska o przyjęcie rezygnacji. 22 grudnia resort ogłosił, że 19 grudnia Tusk odwołał Szczukę z funkcji wiceministra; zastąpił go Mirosław Sekuła.
Zawartość swych archiwów nt. Szczuki IPN ujawnił latem 2010 r., gdy został on wiceministrem po raz drugi. Z katalogów IPN wynikało, że w sierpniu 1988 r. został on zarejestrowany jako kontakt operacyjny wywiadu PRL o kryptonimie „Gaiko”. Ponadto, w latach 80. Szczuka był też wielokrotnie sprawdzany w ewidencji MSW, m.in. przez BOR, wywiad MSW, SB z Piły, Zarząd II Sztabu Generalnego WP i kontrwywiad MSW. Jako powody zapytań podawano: „sprawdzenie obiektu” lub „przed rozpracowaniem”.
Szczuka oświadczył wtedy, że nie miał wcześniej świadomości, iż zarejestrowano go w ewidencji MSW wraz z nadanym kryptonimem.
- Zakładam, że związane jest to z faktem, że w kilka miesięcy po podjęciu przeze mnie w listopadzie 1987 r. pracy w Ministerstwie Finansów zgłosiły się do mnie osoby podające się za przedstawicieli MSW i oferujące m.in. pomoc w prowadzeniu negocjacji z wierzycielami zagranicznymi. O zgłoszeniu się tych osób poinformowałem swego ówczesnego bezpośredniego przełożonego – dodał.
IPN ma do sprawdzenia sto kilkadziesiąt tysięcy oświadczeń lustracyjnych osób pełniących funkcje publiczne w myśl ustawy lustracyjnej. Pion lustracyjny IPN sprawdza ich ok. 5 tys. rocznie. Wybrany latem 2011 r. na nowego prezesa IPN Łukasz Kamiński deklarował przyspieszenie tego procesu - jego zdaniem możliwe jest sprawdzanie 20 tys. rocznie.
