Sąd rejonowy uzasadniał swój wniosek z początku lipca skomplikowaniem sprawy i jej szczególną wagą. Jak mówił wtedy PAP rzecznik Sądu Okręgowego w Warszawie Wojciech Małek, we wniosku SR wskazywał zarówno na to, kim są strony procesu, jak i na zainteresowanie sprawą opinii publicznej.
W czwartek Sąd Apelacyjny w Warszawie wniosek oddalił. Jak powiedziała PAP rzeczniczka sądu Barbara Trębska, „argumenty o medialnym charakterze sprawy i randze osób występujących w procesie nie przekonały sędziów, iżby waga sprawy nakazywała prowadzenie jej w sądzie okręgowym”.
Pod koniec czerwca SR - na wniosek obrońców lidera PiS - wyłączył sędziego Macieja Jabłońskiego z prowadzenia tego procesu. Do czasu zapoznania się z aktami nowy sędzia odwołał zaś zaplanowane na 6 lipca psychiatryczne badania, na jakie Kaczyńskiego chciał wysłać poprzedni sędzia. Lider PiS decyzję o badaniu uznawał za „skandaliczną, całkowicie bezprawną i pozbawioną podstaw”.
Kaczmarka odwołano na wniosek premiera Kaczyńskiego z funkcji szefa MSWiA w sierpniu 2007 r., bo „znalazł się w kręgu podejrzenia” w sprawie przecieku z akcji CBA w resorcie rolnictwa. ABW zatrzymała go w sierpniu 2007 r., razem z b. szefem policji Konradem Kornatowskim i ówczesnym szefem PZU Jaromirem Netzlem. Miał zarzut zatajenia spotkania z Ryszardem Krauzem w hotelu Marriott w lipcu 2007 r. i utrudniania śledztwa w sprawie przecieku z akcji CBA. Śledztwa w sprawie fałszywych zeznań Kaczmarka i samego przecieku z akcji CBA umorzono ostatecznie w 2009 r.
