Stefan Rowecki stworzył organizację o rozmiarach dotąd nie spotykanych. Grot był symbolem, był wodzem tajemniczym, który z podziemia kierował walką całego narodu. Ci, którzy go znali bliżej i którzy się z nim stykali bezpośrednio w pracy, cenili niezmiernie jego rzadkie walory, predestynujące go na przywódcę, wielką indywidualność i nieprzeciętny umysł. (...) Stworzył on organizację o rozmiarach dotąd nie spotykanych i wprowadził zgoła nie znane przedtem metody walki.
– pisał o gen. Roweckim jego następca na stanowisku dowódcy Armii Krajowej gen. Tadeusz Bór-Komorowski.
Od 1942 r., kiedy uzyskał zgodę na prowadzenie ograniczonej walki zbrojnej, nadzorował przygotowanie planu powstania powszechnego. Od 7 grudnia 1942 r. pełnił również funkcję Delegata Ministra Obrony Narodowej w Kraju. W czasie okupacji Niemcy umieścili Roweckiego na pierwszym miejscu listy poszukiwanych Polaków. Gestapo przywiązywało dużą wagę do jego aresztowania – powstała specjalna komórka zajmująca się wyłącznie poszukiwaniem przywódców podziemia, która posiadała jego rysopis i dane osobowe. Sam Rowecki nie był zwolennikiem ścisłej konspiracji i chociaż zgodził się na ochronę osobistą wywiadu AK, ograniczył ją do spotkań służbowych – w terenie poruszał się bez obstawy.
30 czerwca 1943 r. został aresztowany w warszawskim mieszkaniu przy ul. Spiskiej. Następnie przewieziono go do Berlina, gdzie odrzucił niemiecką propozycję współdziałania. W połowie lipca 1943 r. umieszczono go w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen w budynku dla ważnych więźniów. Dokładne okoliczności jego śmierci i miejsce pochówku do dziś nie są znane.
Jak wynika z ustaleń śledztwa IPN, gen. Rowecki został zamordowany między 2 a 7 sierpnia 1944 roku na specjalny rozkaz szefa SS Heinricha Himmlera. Jego egzekucję przeprowadzono prawdopodobnie na terenie krematorium obozu w Sachsenhausen. Wszystkie zebrane przez IPN materiały dowodowe wskazują, że szef SS Heinrich Himmler polecił komendantowi obozu w Sachsenhausen Antonowi Kaindlowi oraz komendantowi podobozu Zellenbau Kurtowi Eckariusowi natychmiastowe wykonanie egzekucji. Nie ma jednak na to bezpośredniego dowodu w postaci dokumentu zawierającego treść rozkazu, który byłby podpisany przez samego szefa SS.
Rowecki został wydany Niemcom przez agentów gestapo w wywiadzie AK - Blankę Kaczorowską, Eugeniusza Świerczewskiego i Ludwika Kalksteina.
Według Biuletynu IPN (2004 r.) Kalkstein walczył jako esesman w powstaniu warszawskim. Po zakończeniu wojny mieszkał w Krakowie, Koszalinie, Chorzowie i Szczecinie. W czerwcu 1949 r. został zatrzymany podczas próby ucieczki na Zachód. Krótko potem został agentem szczecińskiego UB o kryptonimie Granica. Po roku został jednak wyeliminowany z powodu wyjazdu w nieznanym kierunku. Kalksteina aresztowano ponownie w 1953, a w 1954 r. skazano na dożywocie. Zwolniono go w lipcu 1965 r., co wywołało oburzenie dawnych żołnierzy AK. Zaraz po zwolnieniu Kalkstein – jak wynika z akt SB – zaoferował chęć dalszej współpracy z MSW na dowolnie wybranym przez nas odcinku (nie wiadomo, czy tę propozycję przyjęto). W latach 70. Kalkstein pracował na fermie drobiu w podwarszawskim Mysiadle. W 1980 r. dostał dowód osobisty na nazwisko Edwarda Ludwika Stolińskiego-Ciesielskiego. W 1982 r. wyjechał do Francji. Śledztwo prowadzone w tej sprawie od początku 2003 r. przez szczeciński oddział IPN zostało w marcu 2007 r. umorzone z powodu braku nowych dowodów w sprawie śmierci generała.
