W 1945 roku, po powrocie do kraju, Witold Pilecki podobnie jak i cały naród był przekonany, że „polscy” (pełniący obowiązki Polaków) komuniści są agentami wrogiego mocarstwa. Stąd wierność złożonej przysiędze nakazywała mu służyć prawowitemu rządowi Rzeczypospolitej Polskiej i jej dowództwu wojskowemu. Zaczął nawiązywać kontakty organizacji „NIE”, która jednak faktycznie nie rozwinęła działalności. Poza tym została ujawniona jej struktura działania w czasie moskiewskiego procesu 16 przywódców Polski Podziemnej w kwietniu 1945 r. Gen. Władysław Anders 15 kwietnia 1945 r. rozwiązał organizację „NIE”.
Podjęta decyzja nie rozwiązywała nabrzmiałych problemów: troski o los tysięcy żołnierzy AK, przeciwstawienie się propagandzie dążącej do zniszczenia dorobku Polskiego Państwa Podziemnego, powstrzymanie odruchów determinacji i wskazania obywatelskiej postawy ideowej w nowych warunkach odbudowy kraju. Próbując temu sprostać płk Jan Rzepecki wraz ze współpracownikami delegatury Sił Zbrojnych 2 września 1945 r. powołali do istnienia „Ruch oporu bez wojny i dywersji – Wolność i Niezawisłość”. Była to organizacja społeczno-polityczna, która wzywała do opozycji ale bez broni w ręku. Po aresztowaniu prezesa płk Rzepeckiego, WiN kontynuowało działalność pod kierownictwem płk Józefa Rybickiego oraz płk Franciszka Niepokólczyckiego. Rozwiązanie „NIE” zmusiło Witolda Pileckiego do zaczynania od początku: lokalizacji w nowych warunkach i powolnego, systematycznego montowania siatki łączności. Współpracowników dobierał z byłych żołnierzy TAP i oświęcimskiej konspiracji. Przy ich pomocy zdobywał tajne i poufne informacje na temat życia gospodarczego kraju, działania NKWD i komunistów, narastania terroru, fałszerstw w polityce, sytuacji oddziałów leśnych, z którymi kontaktował się osobiście lub przez kurierów. Cały materiał był fotografowany i przekazywany kurierom, którzy oddawali go w II Korpusie.
W tym czasie „Roman Jezierski” wiele uwagi poświęcał także gromadzeniu i opracowywaniu wspomnień o organizacji konspiracyjnej w obozie KL Auschwitz. Do tej pracy zmusiło go fałszywe przedstawianie obozowej rzeczywistości z czym zaczął się spotykać na co dzień.
Z żoną kontaktował się tylko co dwa tygodnie, w czasie przyjazdu do Warszawy, gdy dokonywała zakupu książek do księgarni prowadzonej w Ostrowi Mazowieckiej. Nocowała wtedy w mieszkaniu wynajmowanym przez męża. Na swoje utrzymanie „Roman Jezierski” sam zarabiał prowadząc z Marią Szelągowską wytwórnię wód perfumowanych i projektując do nich etykietki. Pracował też na etacie magazyniera w firmie budowlanej Swobodzińskiego przy ul. Kaliskiej.
Władze komunistyczne kontynuowały akcje przeciw polskiemu podziemiu. W ciągu kilku miesięcy 1946 r. stracono ogółem 120 członków różnych organizacji podziemnych. Aresztowania dotykały żołnierzy, którzy ujawnili się po kolejnej amnestii ogłoszonej 2 sierpnia 1945 r. rozpropagowanej jako akt „dobrej woli” Tymczasowego Rządu Jedności Narodowej.
W czerwcu 1946 r. Witold Pilecki otrzymał za pośrednictwem emisariuszki z Włoch wydany przez gen. Andersa rozkaz wyjazdu na Zachód, gdyż jest spalony i poszukiwany. W sierpniu tę wiadomość potwierdził Bolesław Niewiarowski. Jednak „Roman Jezierski” ociągał się z podjęciem decyzji z dwóch powodów: tu miał rodzinę, a żona odmówiła wyjazdu z dziećmi, choć sama nalegała na jego wyjazd; oraz nie było odpowiedniego kandydata na jego miejsce. Na początku 1947 r. szef sztabu II Korpusu gen. Kazimierz Wiśniowski odwołał poprzedni rozkaz i zatwierdził pracę Witolda Pileckiego w kraju.
Tymczasem „władza ludowa” dążąc do całkowitego zwycięstwa na ziemiach polskich posługiwała się zdradą i prowokacją, które stanowiły główny atut sukcesów sił bezpieczeństwa „Polski Lubelskiej”. W drugiej połowie 1946 r. rozbite zostały większe oddziały partyzanckie (Kurasia, Bernaciaka), w listopadzie aresztowano płk Niepokólczyckiego. Aresztowania dotykały nie tylko ludzi podziemia, ale także członków stronnictw politycznych szczególnie Polskiego Stronnictwa Ludowego. Środkiem służącym zastraszeniu społeczeństwa były pokazowe procesy działaczy podziemia zakończone wyrokami śmierci. W styczniu 1948 r. stracono przywódców Narodowego Zjednoczenia Wojskowego, w marcu członków Komendy Głównej NSZ, w sierpniu płk Niepokólczyckiego i jego współpracowników.
Również w przypadku Witolda Pileckiego i jego bliskich współpracowników użyto tych wypróbowanych sposobów. Do WiN wprowadzono agenta, Leszka Kuchcińskiego, byłego żołnierza TAP i poddano ją dłuższej inwigilacji. Przy jego pomocy MBP chciało rozpoznać siły i środki jakimi dysponowała grupa Pileckiego, by skutecznie skompromitować podziemie „bandycką działalnością”, przez próbę podsunięcia likwidacji filarów MBP: J. Różańskiego, J. Brystygierowej, R. Romkowskiego, J. Czaplickiego, G. Korczyńskiego – tzw. raport „Brzeszczota”. Ów raport miał politycznie i moralnie zniszczyć całą organizację. Prowokacja się jednak nie udała; „Roman Jezierski” przesłał raport na Zachód i czekał na instrukcje z II Korpusu.
Aresztowanie i tortury
Wobec zaistniałej sytuacji Wydział II Departamentu III MBP przystąpił do aresztowań: Witolda Pileckiego zatrzymano 8 maja 1947 r., a od 6 do 22 maja 1947 r. uwięziono 23 osoby, z których tylko 7 zostało uznanych za niewinne i zwolniono. Od 9 maja Pilecki znajdował się w X Pawilonie więzienia mokotowskiego w całkowitej izolacji. Śledztwo przeciwko niemu nadzorował płk R. Romkowski i na protokołach przesłuchań znajdują się dopiski i polecenia pisane jego ręką (dokumenty ze śledztwa są zgromadzone w Archiwum Głównej Komisji Badania Zbrodni przeciw Narodowi Polskiemu, Instytucie Pamięci Narodowej). Przesłuchiwany był przez: por. S. Łyszkowskiego, por. Krawczyńskiego, ppor. J. Kroszela, por. T. Słowianka, ppor. E. Chimczaka i por. S. Alaborskiego, którzy słynęli z okrucieństwa. Koszmar przesłuchiwania trwał pół roku. 4 listopada 1947 r. w obecności oficera śledczego MBP por. M. Krawczyńskiego i prokuratora Naczelnej Prokuratury Wojska Polskiego mjr Rychlika, Witold Pilecki potwierdził złożone w śledztwie zeznania, składając podpis pod formułą o ich dobrowolności i bez represyjności.
Tymczasem rtm. Pilecki był torturowany! Potwierdzają ten fakt zeznania więźniów – współtowarzyszy i informacje księży Jana Stępnia i Antoniego Czajkowskiego, którzy w tym czasie też znajdowali się w więzieniu Rakowieckim. Jednak podpisanie spreparowanych materiałów śledczych zamykało śledztwo i można było odpocząć od tortur i udręki przesłuchań. Ponadto oczekiwanie na proces dawało nadzieję na możliwość odparcia wymuszonych zeznań i spreparowanych, absurdalnych zarzutów.
Zaraz po uwięzieniu Pileckiego, jego oświęcimscy przyjaciele zwrócili się do innego współwięźnia – premiera Józefa Cyrankiewicza z prośbą o interwencję. Zamiast odpowiedzi, Cyrankiewicz wystosował pismo do przewodniczącego składu sędziowskiego, w którym sugerował, by nie brano pod uwagę działalności „Tomasza Serafińskiego” w Auschwitz, lecz by rozprawiono się z nim jako „wrogiem ludu i Polski Ludowej”!
Proces
Proces Witolda Pileckiego i jego towarzyszy: Marii Szelągowskiej, Tadeusza Płużańskiego, Szymona Jamontta-Krzywickiego, Maksymiliana Kauckiego, Jerzego Nowakowskiego, Witolda Różyckiego i Makarego Sieradzkiego rozpoczął się 3 marca 1948 r. w siedzibie warszawskiego Rejonowego Sądu Wojewódzkiego przy ul. Nowowiejskiej. Na ten „jawny” proces wpuszczono za specjalnymi biletami część najbliższej rodziny oraz ludzi z resortu. Sądowemu składowi przewodniczył mgr ppłk Jan Hryckowian, a członkami składu byli: sędzia wojskowy mgr kpt. Józef Badecki, ławnik kpt. Stefan Nowacki i protokolant por. Ryszard Czarkowski. Oskarżycielem „Witolda” był wiceprokurator Naczelnej Prokuratury Wojska Polskiego mjr Czesław Łapiński. Oskarżał go o posiadanie broni, którą Pilecki po upadku powstania – podobnie jak większość powstańców – ukrył w skrytce i nie używał. Kolejne oskarżenie dotyczyło przygotowywania zamachów zbrojnych na prominentów reżimu, ale częściowo je utajniono, gdyż opierało się na materiale pozostałym po nieudanej prowokacji. Ostatnim zarzutem było oskarżenie o posługiwanie się fałszywymi dokumentami wystawionymi na nazwisko Romana Jezierskiego. Podczas rozprawy prokurator nie dopuścił do przesłuchania świadków oskarżenia przebywających w większości w więzieniach oraz zrezygnował ze świadków obrony. Rozstrzygnięcia zapadały poza salą sądową. Proces w swym założeniu miał dostarczyć materiału propagandowego na potwierdzenie tezy o szpiegowskiej działalności grupy „Witolda” i współpracy z Niemcami w czasie okupacji. Ponadto miał stać się środkiem sterroryzowania społeczeństwa w jego odruchach niepodległościowych. Dlatego oskarżyciel żądał dla oskarżonych kary śmierci. W ostatnim słowie oskarżeni odrzucili zarzut szpiegostwa i świadomego uczestnictwa w działalności tego typu, podkreślali natomiast postawę żołnierskiej służby w dobrej sprawie.
Wyroki
15 marca 1948 r. w południe ogłoszono wyrok: W. Pilecki, M. Szelągowska i T. Płużański zostali skazani na karę śmierci, M. Sieradzki na dożywocie, a pozostali na kilkanaście lat więzienia. W uzasadnieniu wyroków śmierci sąd wojskowy podał: „dopuścili się najcięższej zbrodni stanu i zdrady narodu, cechowało ich wyjątkowe napięcie złej woli, przejawiali nienawiść do Polski Ludowej i reform społecznych, zaprzedali się obcemu wywiadowi i wykazali szczególną gorliwość w akcji szpiegowskiej”. Można zauważyć, że to uzasadnienie potwierdza polityczny i propagandowy charakter procesu u wyroku.
Skarga rewizyjna jaką złożyli obrońcy oskarżonych przyczyniła się do zmiany kary śmierci Marii Szelągowskiej na dożywocie – tylko ze względu na jej płeć. Karę śmierci zamieniono na dożywocie także Tadeuszowi Płużańskiemu. Prośby o ułaskawienie skierowane do prezydenta Bolesław Bieruta przez obrońcę, przez przyjaciół oświęcimskich i przez Marię, żonę Pileckiego zostały odrzucone.
25 maja 1948 r. o godz. 21.30 w obecności Wiceprokuratora Naczelnej Prokuratury Wojska Polskiego mjr S. Cypryszewskiego, Naczelnika więzienia Mokotowskiego – por. Ryszarda Mońko, lekarza por. dr lek. Kazimierza Jezierskiego, duchownego – ks. kpt. Wincentego Martusiewicza rozstrzelano Witolda Pileckiego, a ciało potajemnie pogrzebano prawdopodobnie na tzw. „Łączce” dziś kwatera „Ł” cmentarza Powązkowskiego.
Dopiero we wrześniu 1990 r. Sąd Najwyższy uniewinnił rotmistrza i jego towarzyszy, ukazał niesprawiedliwy charakter wydanych wyroków, uwypuklił patriotyczną postawę skazanych w tym procesie.
W lipcu 2006 r. Prezydent RP Lech Kaczyński w uznaniu zasług Witolda Pileckiego i jego oddania sprawom ojczyzny odznaczył go pośmiertnie Orderem Orła Białego.
Znicze pamięci zapłoną w całym kraju w następujących miejscach:
- Alwernia, Klasztor oo. Bernardynów – pod tablicą pamiątkową
- Bełchatów, ul. rtm. Witolda Pileckiego 4 – pod tablicą pamiątkową
- Bochnia (woj. małopolskie), Rynek 2 – tablica pamięci
- Bydgoszcz, ul. Witolda Pileckiego
- Chorzów-Batory, przy Dębie Pamięci „Witold”, znajdującym się na skwerze imienia rtm. Witolda Pileckiego
- Częstochowa, al. Wolności 33 – tablica poświęcona rtm. Witoldowi Pileckiemu
- Gdańsk, pomnik rtm. W. Pileckiego obok Muzeum II Wojny Światowej
- Goleniów, pomniki rtm. W. Pileckiego
- Gościeszowice (gm. Niegosławice), odsłonięcie upamiętnienia rtm. W. Pileckiego (21 maja 2025 r.)
- Grudziądz, przy pomniku rotmistrza Pileckiego
- Inowrocław, przy ul. rotmistrza Witolda Pileckiego
- Jodłówka (woj. małopolskie), tablica pamięci rtm. Witolda Pileckiego w Publicznej Szkole Podstawowej im. rtm. Witolda Pileckiego
- Katowice, tablica poświęcona rtm. Witoldowi Pileckiemu na skwerze im. rtm. Witolda Pileckiego
- Kierz Niedźwiedzi, pod tablicą pamiątkową przed budynkiem Szkoły Podstawowej im. rtm. Witolda Pileckiego
- Kraków, pod popiersiem rtm. Witolda Pileckiego w Galerii Wielkich Polaków XX wieku, w parku Jordana o godz. 21.30
- Krasocin, 23 maja 2025 r. pod tablicą pamiątkową znajdującą się w budynku Zespołu Placówek Oświatowych im. rtm. Witolda Pileckiego w Krasocinie
- Lublin, Zamek Lubelski
- Łagiewniki (woj. dolnośląskie), pomnik rtm. Witolda Pileckiego – plac między ulicami Kłodzką i Nadrzeczną
- Łódź, Pomnik Ofiar Komunizmu
- Malbork, Plac Słowiański przy malborskich mostach
- Nielepice (woj. małopolskie), Park im. rtm. Witolda Pileckiego
- Nowy Wiśnicz (woj. małopolskie), Dworek w Koryznówce
- Olsztynek, tablica pamięci przy Szkole Podstawowej nr 2 im. rtm. Witolda Pileckiego przy ul. Ostródzkiej 2
- Opole, pomnik rtm. Witolda Pileckiego przy ul. rtm. Witolda Pileckiego
- Ostrowiec Świętokrzyski, przed pomnikiem Armii Krajowej. Prezentacja wystawy IPN o rtm. Witoldzie Pileckim
- Oświęcim, pomnik przy Małopolskiej Uczelni Państwowej im. rtm. Witolda Pileckiego
- Poznań, w podcieniach dziedzińca klasztoru dominikanów, pod tablicą upamiętniającą rtm. Pileckiego
- Radom, pod tablicą upamiętniającą rtm. Witolda Pileckiego umieszczoną na budynku Zespołu Szkół Samochodowych w Radomiu, który jest patronem tej szkoły.
- Rzeszów, pod tablicą pamięci na Osiedlu Franciszka Kotuli przy Rondzie im. rtm. Witolda Pileckiego
- Szczecin, pod tablicą upamiętniającej rtm. W. Pileckiego na gmachu Technikum Ekonomicznego w Szczecinie im. rtm. Witolda Pileckiego
- Śrem, Park Śremskich Odlewników, pod pomnikiem rtm. Witolda Pileckiego
- Tyniec (woj. małopolskie), ul. Bogucianka – pod tablicą pamiątkową
- Warszawa, Powązki Wojskowe – symboliczny grób rtm. Witolda Pileckiego w „Kwaterze na łączce”
- Warszawa, pomnik rtm. Witolda Pileckiego przy Alei Wojska Polskiego na warszawskim Żoliborzu
- Warszawa, Muzeum Żołnierzy Wyklętych i Więźniów PRL
- Warszawa, tablica przy ul. Sierakowskiego 9
- Warszawa, tablica przy placu Starynkiewicza 7/9
- Warszawa, głaz z tablicą poświęconą pamięci rotmistrza Witolda Pileckiego przy ul. Mehoffera 36 (skrzyżowanie z ul. Talarową)
- Wieluń (woj. łódzkie) – przy popiersiu w parku im. rtm. Witolda Pileckiego
- Wrocław, pomnik rtm. Witolda Pileckiego, który znajduje się przy promenadzie Staromiejskiej
- Żyznów (woj. podkarpackie), Szkoła Podstawowa im. rtm. Witolda Pileckiego – tablica upamiętniająca