Niemcy utworzyli w Auschwitz II-Birkenau „Familienlager Theresienstadt” tzw. obóz rodzinny dla Żydów deportowanych z getta w Terezinie (Protektorat Czech i Moraw). 9 września 1943 r. osadzili w nim 5 tys. Żydów. W sumie trafiło tam ponad 17 tys. osób. Wojnę przeżyło ok. 1,2 tys.
W terezińskiej twierdzy w listopadzie 1941 r. utworzono getto, do którego zwożono Żydów z całej Europy. W wyniku przepełnienia i katastrofalnych warunków sanitarnych zmarło tam ponad 33 tys. osób. Niemcy chcąc rozładować przepełnienie zaczęli deportować Żydów „na Wschód”, w tym do Auschwitz. Obawiali się jednak, że informacje o tym, co dzieje się w niemieckich obozach koncentracyjnych mogą przedostać się do zagranicznej prasy. Dlatego ok. 5 tys. Żydów wywiezionych w dwóch transportach 8 września umieszczono w barakach podobozu zwanego rodzinnym. Nie poddano tej grupy selekcji i zezwolono na przebywanie w barakach rodzinami, choć z jednej strony pomieszczeń kwaterowano mężczyzn, a z drugiej kobiety z dziećmi. Zezwolono też na wysyłanie do bliskich w Theresienstadt korespondencji zawierającej uspokajające wieści. Żydom wytatuowano numery, ale rygor nie był tak drakoński jak w pozostałych częściach Auschwitz. Więźniowie nosili cywilne ubrania i nie obcięto im włosów. Dla dzieci urządzono specjalny ogródek zabaw, początkowo otrzymywały one również lepsze wyżywienie. Nie podlegali okresowym selekcjom, po których słabi i chorzy byli mordowani. Historyk z Muzeum Auschwitz Łukasz Martyniak podaje, że „Familienlager Theresienstadt” w Birkenau liczył 32 baraki drewniane, w których mieszkali więźniowie, oraz sześć sanitarnych.
Wśród deportowanych była m.in. Hana Novakova z domu Sainer. Trafiła tam wraz z rodziną w grudniu 1943 r. Jej wspomnienia zachowały się w archiwum Muzeum Auschwitz.
Brata i mnie, a więc bliźnięta, wybrał doktor Mengele do eksperymentów. Powiedziano nam, że kto chce, niech się zgłosi – i to, jak myślę, uratowało mi życie. Zbadano nam kolor oczu, włosów, pobierano nam odciski palców, krew. W nagrodę dwa razy dostaliśmy 10 kostek cukru. (…) Wiem, że kiedy nie pozwolono mi iść do mamusi, strasznie płakałam.
Deportowany z getta w Terezinie John Freund mówił, że po przyjeździe, spoglądając na obozowe budynki z kominami, ciekawiło go, „jakie to są fabryki”.
Każdy miał magazyn i bardzo wysoki, szeroki komin. Z komina często wydobywał się ciężki dym. Czy to piekarnie? A może cegielnie? Odpowiedź wstrząsnęła nami i przyprawiła o drżenie. To są komory gazowe, powiedziano nam, gdzie zabija się ludzi z gett i spala w piecach. Jakoś nie chcieliśmy w to uwierzyć.
„Familienlager Theresienstadt” zlikwidowany został w dwóch etapach: w nocy z 8 na 9 marca 1944 r. pod pozorem przeniesienia do obozu pracy w Heydebreck Niemcy zgładzili w komorach gazowych 3791 osób, w tym małe dzieci. Po ich śmierci nadeszły do zamieszkałych w różnych krajach rodzin kartki pocztowe, które ofiary musiały napisać na początku marca i opatrzyć datą 25-27 marca. Spośród przeznaczonych na zagładę w marcu lekarz SS Josef Mengele polecił wycofać 70 bliźniąt, na których prowadził pseudomedyczne eksperymenty.
Z początkiem lipca 1944 r. Niemcy przeprowadzili selekcję w obozie familijnym. Zadecydowali, że 2 tys. kobiet i 1 tys. mężczyzn zostanie przeniesionych do innych obozów. W Familienlager pozostało ok. 7 tys. osób. Mordowano ich nocami z 10 na 11 oraz 11 na 12 lipca. Baraki po obozie familijnym wykorzystywano później m.in. jako magazyny rzeczy zagrabionych Żydom.