Pomidory rosły w południowoamerykańskich Andach jako mała dzika roślina. W tamtym czasie były bliższe raczej dzisiejszym pomidorkom koktajlowym, i to w dodatku żółtym, niż zwykłym dużym, czerwonym pomidorom. Historycy nie są pewni, kiedy trafiły do Europy. Po splądrowaniu Ameryki Południowej hiszpańscy konkwistadorzy skrupulatnie odnotowali każdą ilość złota i srebra, jakie dotarły do Sewilli, ale nie ma żadnej wzmianki o nasionach pomidorów. Uważa się jednak, że pojawiły się za sprawą Hernana Corteza. Ich miano pochodzi przecież od azteckiego przedrostka tomatl, oznaczającego „okrągły owoc”. Z kolei w Polsce nazwa wzięła się od łacińsko-włoskiego określenia „pommi d`oro” lub czyli „złote jabłko”.
W Europie najpierw postrzegano pomidory jako egzotyczne rośliny ozdobne, w dodatku przypuszczano, że są trujące. Włoski zielarz Pietro Andrae Matthioli w 1544 roku opisał je jako „złote jabłka” – i tak po raz pierwszy pomidor pojawił się na kartach europejskiej historii. W XVII wieku tylko jeden europejski kraj jadł pomidory – była to Hiszpania. Przyrządzano je w stylu „azteckim” smażone z oliwą i chilli. Co ciekawe Włosi długo uznawali pomidory za „dziwne, niezdrowe i śmierdzące”. Mówiono na nie „trujące jabłka”. Pierwszy włoski przepis z pomidorami pojawił się dokładnie w roku 1694. Natomiast Francuzi widząc pomidory uznali, że są one afrodyzjakiem i nazywali je „jabłkami miłości”.
Okazał się owocem, które pokochali ubodzy, gdyż po obróbce można go było łatwo przechowywać. Na surowo odważono się je jeść dopiero w wieku XVII. Wreszcie od połowy XVIII wieku pomidory stały się popularne w całej Europie i nikt nie wyobraża sobie, że mogłoby ich nie być.