Na długą karierę profesorską w naukach chemicznych i w szkolnictwie wyższym Zygmunta Kowalskiego nie miała dotąd wpływu tocząca się w kraju lustracja obejmująca m.in. środowiska naukowe. Ale to może się zmienić, bo IPN zakwestionował jego oświadczenie lustracyjne. Prokurator zarzucił naukowcowi zatajenie współpracy w charakterze kontaktu operacyjnego z wywiadem MSW. Tajna współpraca lustrowanego, zgodnie z aktami IPN‑u, rozpoczęła się w stanie wojennym w 1982 r. Kowalski obejmował wówczas kierownicze stanowisko w Zakładach Chemicznych „Alwernia”. Od tego czasu do zakończenia współpracy w 1988 r. dla Departamentu I MSW był KO działającym pod ps. Caruso.
Bezpieka uzyskała dzięki niemu informacje o osobach, które wyjechały za żelazną kurtynę do RFN-u. „Caruso” wspierał też SB jako konsultant przekazujący oceny materiałów dotyczących nowych technologii.
W postępowaniu lustracyjnym IPN‑u profesor odmówił składania wyjaśnień przed prokuratorem Instytutu.
Próbowaliśmy skontaktować się z dziekanem Wydziału Inżynierii i Technologii Chemicznej PK prof. Kowalskim. Dowiedzieliśmy się, że jest nieosiągalny.
Zygmunt Kowalski od 2002 r. jest dyrektorem Instytutu Chemii i Technologii Nieorganicznej na Politechnice Krakowskiej. Oprócz pracy na uczelni w latach 90. był też członkiem zarządu oraz dyrektorem w Zakładach Chemicznych „Alwernia”.