Makowski urodził się 18 sierpnia 1958 r. w Katowicach. Życie związał z Cieszynem. Studia ukończył w tamtejszej filii Uniwersytetu Śląskiego. W 1980 r. rozpoczął pracę w cieszyńskim muzeum. Obecnie to Muzeum Śląska Cieszyńskiego. Był w nim starszym kustoszem. Szefował tam działom naukowo-oświatowym i fotografii. Był także kustoszem archiwum rodu Saint-Genois d`Anneacourt, który miał majątki m.in. na Śląsku Austriackim i w Galicji.
W latach 1984-1988 i 1990-1994 był radnym Cieszyna. Był wiceprzewodniczącym Rady i członkiem zarządu miasta.
Od 1980 r. działał w Macierzy Ziemi Cieszyńskiej, organizacji patriotycznej, która istnieje od 1885 r. Tworzyli ją tak wybitni działacze narodowi i oświatowi jak Paweł Stalmach, czy księża Ignacy Świeży i Józef Londzin. W latach 1997-2010 Makowski był jego prezesem.
Mariusz Makowski był autorem wielu artykułów, publikacji naukowych i popularnonaukowych o tematyce historycznej, a także wykładów i prelekcji na temat Ziemi Cieszyńskiej.
Zmarły był członkiem Polskiego Towarzystwa Historycznego, wiceprezesem Towarzystwa Polsko-Austriackiego w Cieszynie oraz wiceprzewodniczącym Funduszu Stypendialnego Śląska Cieszyńskiego.
Mariusz Makowski był pomysłodawcą cieszyńskiego „szlaku magnolii”, którym, gdy zakwitały drzewa, oprowadzał turystów opowiadając o historii miasta. Zainspirował go do tego wuj, mieszkający poza granicami Polski. Przyjeżdżał do Cieszyna nie tylko, by spotkać się z rodziną, ale także aby podziwiać kwitnące magnolie, jeden z symboli granicznego miasta.
Za swą działalność został wyróżniony m.in. nagrodą Srebrnej Cieszynianki Miasta Cieszyna. Mariusz Makowski zmagał się z chorobą nowotworową. Zmarł w szpitalu.
