Prezes PiS przyjechał do Krakowa już po zamknięciu Wzgórza Wawelskiego. Towarzyszyli mu premier Mateusz Morawiecki, wicepremier Beata Szydło, minister obrony narodowej Mariusz Błaszczak, minister spraw wewnętrznych i administracji Joachim Brudziński oraz minister infrastruktury Andrzej Adamczyk.
Zjawili się również szef Komitetu Stałego Rady Ministrów Jacek Sasin, szef Kancelarii Prezesa Rady Ministrów Michał Dworczyk i szef gabinetu premiera Marek Suski, szefowa komisji śledczej ds. Amber Gold Małgorzata Wassermann (PiS), marszałek małopolski Witold Kozłowski, wicemarszałek Sejmu Ryszard Terlecki (PiS) oraz europoseł Ryszard Czarnecki (PiS).
W krypcie św. Leonarda odprawiona została msza.
Prezydent Lech Kaczyński i jego małżonka Maria zginęli 10 kwietnia 2010 r. w katastrofie lotniczej pod Smoleńskiem w drodze na uroczystości rocznicowe do Katynia, razem z 94 innymi osobami. Pogrzeb pary prezydenckiej odbył się w Krakowie 18 kwietnia 2010 r.
W krypcie, w której znajduje się sarkofag Lecha i Marii Kaczyńskich, we wrześniu 2010 r. odsłonięta została tablica ku czci ofiar katastrofy, z nazwiskami wszystkich, którzy zginęli pod Smoleńskiem i łacińską sentencją: "Corpora dormiunt, vigilant animae" (Ciała śpią, dusze czuwają).
