Komisja, której utworzenie zapowiedział kard. Ryś, została powołana "po przeprowadzeniu konsultacji w Kurii Rzymskiej i za zgodą Ojca Świętego Leona XIV".
"Sprawozdanie z prac komisji zostanie przekazane metropolicie krakowskiemu po zakończeniu jej działalności. Od wniosków i oceny tej komisji Kardynał uzależnia dalsze decyzje w sprawie Parafii Mariackiej"
- poinformowano.
Wiele kontrowersji budzi skład komisji. Jej przewodniczącym ma być bowiem prof. Jerzy Hausner, ekonomista, polityk Sojuszu Lewicy Demokratycznej, minister pracy w rządach Leszka Millera i Marka Belki. W czasach PRL przez kilkanaście lat był członkiem Związku Młodzieży Socjalistycznej i Związku Socjalistycznej Młodzieży Polskiej. Od 1970 r. do rozwiązania partii był członkiem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej.
W skład komisji wejdzie także dr hab. Konrad Grabiński, profesor Uniwersytetu Ekonomicznego w Krakowie, a także ks. prof. Piotr Majer, specjalista w zakresie prawa kanonicznego.
W czerwcu 2025 r. decyzją władz kościelnych urząd proboszcza tej parafii przestał pełnić ks. prałat Dariusz Raś. Jednocześnie administratorem parafii z wszystkimi uprawnieniami proboszcza został mianowany ks. Mariusz Słonina, dotychczasowy dyrektor Caritasu Archidiecezji Krakowskiej i Wydziału Charytatywnego Kurii Metropolitalnej w Krakowie.
Wiosną 2024 r. metropolita abp Marek Jędraszewski wydał dekret w sprawie odwołania ks. Rasia z funkcji proboszcza parafii mariackiej, zarzucając mu nieprawidłowości w zarządzaniu powierzoną parafią i jej majątkiem. Duchowny zaskarżył decyzję hierarchy do Watykanu i uzyskał wstrzymanie dekretu metropolity do czasu przeanalizowania sprawy przez władze kościelne. W czerwcu 2025 r. do krakowskiej kurii wpłynęła informacja o tym, że Stolica Apostolska podtrzymała decyzję abpa Jędraszewskiego.