Do Nowej Huty chciał przyjechać za rok. Jednak ówczesne komunistyczne władze zgodziły się jedynie na odprawienie mszy św. właśnie w Mogile. W homilii wygłoszonej w ogrodzie klasztornym w Sanktuarium Krzyża Świętego w Krakowie-Mogile do 150 tys. mieszkańców Nowej Huty powiedział: „Kiedy w pobliżu Krakowa budowana była Nowa Huta, może nie uświadamiano sobie, że powstaje ona przy krzyżu, przy tej relikwii, którą wraz z prastarym opactwem cysterskim odziedziczyliśmy po czasach piastowskich”. Wtedy jeszcze nie zdawano sobie sprawy, że to, co Lenin rozpoczął w 1917 r. w Piotrogrodzie, a Stalin kontynuował w Jałcie, Jan Paweł II zaczął demontować w Nowej Hucie.
