721 zimujących nietoperzy z 11 gatunków zostało zinwentaryzowanych w Ojcowskim Parku Narodowym przez leśników z Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu. Zdecydowana większość to podkowce małe; liczebność tego gatunku od kilkunastu lat wzrasta na tym terenie.
Wśród 721 hibernujących nietoperzy znalezionych w ojcowskich jaskiniach było 631 podkowców małych (Rhinolophus hipposideros).
Ojców i okolice są jednym z ważniejszych zimowisk w Polsce dla tego nietoperza. Jaskinia Ciemna jest też największym zimowiskiem podkowca małego na Wyżynie Krakowsko-Częstochowskiej. Gatunek znajduje na tych terenach bardzo dobre warunki do życia - tereny zalesione ze skałami wapiennymi, dostatek pożywienia oraz dogodnych miejsc do zimowania.
Pozostałe 90 osobników to przedstawiciele gatunków: podkowiec duży, nocek duży, nocek rudy, nocek orzęsiony, nocek łydkowłosy, nocek Brandta/wąsatek/Alkatoe, mroczek późny, gacek brunatny oraz mopek zachodni.
Według poznańskich badaczy, nietoperze w Ojcowskim Parku Narodowym mają się dobrze. Wpływ na dobrostan tych ssaków ma poprawa stanu środowiska naturalnego, związana przede wszystkim z wycofaniem toksycznych środków ochrony roślin oraz dobra ochrona stanowisk zimowania.
Inwentaryzacja nietoperzy zimujących w Ojcowie została przeprowadzona już po raz 32. Podczas czterodniowego badania studenci skontrolowali 23 obiekty, w tym 21 jaskiń.
W Polsce występuje 26 gatunków nietoperzy. Wszystkie są objęte ochroną prawną. Europejskie nietoperze nie atakują ludzi.