Historia miejscowości sięga 1546 roku, kiedy to król Zygmunt Stary nadał Michałowi, synowi sołtysa z Męciny prawo do lokacji wsi na prawie wołoskim. W 1629 roku Wapienne było wsią królewską, w powiecie bieckim.
W 1848 zakład zdrojowy posiadał trzy wille i łazienki z 50 stanowiskami kąpielowymi w 36 kabinach. Było wówczas własnością rodziny Siemieńskich. W latach 1878 i 1894 zdrojowisko zniszczyły pożary. Łazienki odbudowano w latach 1904–1906. Ponownie zniszczone podczas I wojny światowej. Jego funkcję przywrócono w latach 1920–24. Kąpiele brało wówczas po około 100 osób dziennie. Rozpoczął się powolny, lecz stopniowy rozwój kurortu. Wyjątkowość uzdrowiska Wapienne w okresie międzywojennym polegała też na tym, że było ono w rękach chłopskich i leczyli się w nim chłopi oraz mieszkańcy okolicznych miasteczek. Było zdrojowiskiem skromnie urządzonym, tanim, lecz w przeciwieństwie np. do Krynicy dostępnym dla szerokich warstw społecznych. II wojna światowa przyniosła zniszczenie zakładu. Zdewastowane w czasie II wojny światowej. Odbudowane w latach 50. XX w.
W 1956 oddano do użytku dawny pensjonat, pawilon hotelowy na 60 łóżek, a w 1959 odbudowano stary budynek zdrojowy składający się z 8 kabin do kąpieli mineralnych i 3 kabiny do kąpieli borowinowych. W 1964 wybudowano stołówkę, a w 1967 kawiarnię i blisko 50 domków campingowych. W 1973 oddano do użytku odkryty basen kąpielowy z zapleczem rekreacyjno-sportowym.
W uzdrowisku Wapienne w terapii wykorzystuje się podgórski klimat, średnio zmineralizowane (od 0,5 do 1,1 g/litr) wody siarczkowo-siarkowodorowe oraz borowinę. Źródła mineralne związane są z warstwami inoceramowymi wieku kredowego znajdują się na zachodnim zboczu Małego Ferdla. W 2018 eksploatowane były dwa ujęcia wód: „Marta” i „Kamila”.
Biologiczny wpływ tych wód na ustrój człowieka polega na silnym działaniu moczopędnym, odczulającym, przeciwzapalnym i pobudzającym czynności gruczołów trawiennych. Wysokiej jakości borowinę eksploatuje się z pobliskiego torfowiska na Kamiennej Górze.
W uzdrowisku leczy się schorzenia: reumatyczne, ortopedyczno-urazowe, układu krążenia, dermatologiczne, układu oddechowego, nerwowego, wydzielania wewnętrznego i przemiany materii; choroby kobiece, alergie, przewlekły stres.
W latach 2010–2014 dzięki środkom unijnym przeprowadzono rewitalizację uzdrowiska. W ramach projektu wybudowano: nowy dom zdrojowy z pijalnią wód; obiekt konstrukcji murowanej z dachem krytym gontem nawiązujący do architektury Pogórza mieści także salę do odpoczynku i przestrzeni wystawowej, parki zdrojowe: „Ogród Marysieńki” i „Ogród Laury” z małymi pawilonami, fontannę zdrowia i odpoczynku, ścieżki spacerowo-rowerowe wzdłuż Promenady Napoleońskiej, nowe parkingi.