Według obecnych szacunków PKP Intercity, w czasie wydarzenia usługi tylko tego przewoźnika wybierze ponad 100 tysięcy pielgrzymów. Liczba ta może wzrosnąć. Z samej oferty przejazdów grupowych skorzysta 40 tysięcy podróżnych. Spółka zawarła porozumienia z 11. diecezjami w Polsce, dla których uruchomi 74 pociągi specjalne.
Podczas Światowych Dni Młodzieży w trasy wyjedzie blisko 700 dodatkowych pociągów. PKP PLK może zwiększyć liczbę składów na trasie Kraków – Katowice z 56 do 214 dziennie. Na trasę z Warszawy do Krakowa będzie mogło wyjechać 171 pociągów na dobę – o 71 więcej niż obecnie, a na trasie Rzeszów – Kraków liczbę pociągów można zwiększyć z obecnych 49 do 150 dziennie. W związku ze Światowymi Dniami Młodzieży opracowywana jest specjalna korekta rozkładu jazdy, która zostanie wprowadzona 1 lipca.
Jednym z najważniejszych zadań jest zapewnienie podróżnym bezpieczeństwa. Straż Ochrony Kolei będzie ściśle współpracowała z policją i innymi służbami na terenie całego kraju. Patrole SOK zostaną wzmocnione. Światowe Dni Młodzieży zabezpieczać będzie ponad dwa i pół tysiąca funkcjonariuszy wspieranych przez najnowocześniejszy sprzęt i środki łączności. Wykorzystane zostaną między innymi mobilne centra monitoringu. Na każdej stacji związanej z obsługą pielgrzymów przygotowana będzie odpowiednia organizacja ruchu i zabezpieczenia. Szczególnym nadzorem objęte będą dodatkowe przejścia przez tory oraz tereny kolejowe, obok których odbędą się uroczystości.
Spółka PKP CARGO zabezpieczyła dotychczas 40 lokomotyw, które będą mogły zostać wykorzystane w razie ewentualnych awarii i utrudnień w ruchu. Zarządca infrastruktury wyznaczy dodatkowe zespoły pracowników dbających o zapewnienie przepustowości linii kolejowych.
PKP SA udostępni budynek dawnego dworca Kraków Główny na potrzeby centrum informacyjnego dla pielgrzymów.
