Kowalski współtworzył też Ligę Polskich Rodzin. Od 1993 do 1997 r. pełnił funkcję redaktora naczelnego prorosyjskiej "Myśli Polskiej".
Według katalogów opublikowanych przez Instytut Pamięci Narodowej Bogusław Kowalski w 1987 r. został zarejestrowany przez Służbę Bezpieczeństwa jako TW"Mieczysław". Ale w 2008 r. IPN zawiadomił, że po analizie materiału archiwalnego nie znalazł podstaw do zakwestionowania jego oświadczenia lustracyjnego, w którym polityk zaprzeczał współpracy ze służbami specjalnymi PRL.
Historyk Sławomir Cenckiewicz następująco skomentował powołanie Kowalskiego na stanowisko prezesa PKP:
Bardzo zła i zaskakująca decyzja... Nowy szef PKP rejestrowany jako TW Mieczysław, związany z Janem Engelgardem i Myślą Polską, więc poglądy delikatnie mówiąc "anty-antykomunistyczne", "anty-PiS" i "pro-Moskwa"... Osłona kontrwywiadowcza szczególnie niezbędna...
Sprawa Lecha Wałęsy, str. 286:
"Dobrym przykładem konsekwencji orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego z 1998 r. jest sprawa posła Bogusława Kowalskiego z PiS, który w latach 1987-1990 pozostawał w ewidencji operacyjnej SB jako TW ps. „Mieczysław” i TW ps. „Przemek”. Wprawdzie do naszych czasów nie zachowała się jego teczka personalna i teczka pracy, ale inne dokumenty dość jednoznacznie wskazują na jego związki z SB. Można na przykład ustalić, że w latach 1987-1989 „Mieczysław”/„Przemek” odbył co najmniej 60 spotkań z oficerem prowadzącym i został 20 razy wynagrodzony za współpracę".
