Pod koniec września Andrzej Pawlikowski został doradcą prezydenta Andrzej Dudy. Wcześniej - od 27 listopada 2006 do 26 listopada 2007 r. - był szefem BOR po raz pierwszy, a między 10 stycznia 2009 a 10 października 2010 r. dowodził pionem szkolenia w Centralnym Biurze Antykorupcyjnym.
Nowy szef BOR uczestniczył też w pracach szeregu zespołów międzyresortowych dotyczących problematyki bezpieczeństwa państwa, m.in. w latach 2006-2007 był stałym członkiem Międzyresortowego Zespołu ds. Zwalczania Terroryzmu, a 2002-2007 - Polsko-Amerykańskiej Grupy ds. Zwalczania Terroryzmu.
W niedawnym wywiadzie dla "Gazety Polskiej" płk Pawlikowski mówił, że BOR wymaga poważnej reformy. - Najpierw szczegółowy audyt ośmioletniej działalności Biura. Wprowadzenie kadencyjności szefa służby, podporządkowanie jej premierowi i przyznanie uprawnień operacyjno-rozpoznawczych - mówił płk Pawlikowski "Gazecie Polskiej".
