Pod koniec września Andrzej Pawlikowski został doradcą prezydenta. Od 27 listopada 2006 do 26 listopada 2007 szef BOR. Od 10 stycznia 2009 do 10 października 2010 szef pionu szkolenia w Centralnym Biurze Antykorupcyjnym.
W niedawnym wywiadzie dla "Gazety Polskiej" mówił, że BOR wymaga poważnej reformy. - Najpierw szczegółowy audyt ośmioletniej działalności Biura. Wprowadzenie kadencyjności szefa służby, podporządkowanie jej premierowi i przyznanie uprawnień operacyjno-rozpoznawczych - mówił płk. Pawlikowski "Gazecie Polskiej".
