Przez osiemnaście lat po zakończeniu II wojny światowej ukrywał się w rodzinnych stronach, na Lubelszczyźnie. Zginął w ubeckiej obławie - 21 października 1963 roku w Majdanie Kozic Górnych. Pod koniec stycznia tego roku lubelski oddział Instytutu Pamięci Narodowej informował, że została zidentyfikowana czaszka Franczaka, która przez przez kilkadziesiąt lat była ona eksponatem dydaktycznym dla studentów Akademii Medycznej w Lublinie (obecnie Uniwersytet Medyczny).
Decyzja o odcięciu głowy zmarłego zapadła tuż po jego śmierci. Franczak został pochowany w anonimowej mogile na cmentarzu przy ul. Unickiej w Lublinie. W 1983 roku rodzina przeniosła szczątki do rodzinnego grobu w Piaskach. Wskazać je pomógł jeden z grabarzy. Zidentyfikowana czaszka zostanie w czwartek pochowana w Piaskach.
- Jestem szczęśliwy, że szczątki mojego taty spoczną wreszcie razem. Podobnie jak cała rodzina, mam teraz taki wewnętrzny spokój - powiedział "Kurierowi Lubelskiemu" Marek Franczak, syn Józefa Franczaka ps. "Laluś". IPN prowadzi śledztwo dotyczące zbezczeszczenia w PRL szczątków Józefa Franczaka, badany jest m.in. wątek oddania czaszki ostatniego Żołnierza Wyklętego na cele naukowe bez zgody jego rodziny.
Oprawę uroczystości zapewni wojskowa asysta honorowa z Dowództwa Garnizonu Warszawa.
